Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles.
Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles.
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DOI：
10.1038/nmeth.3337
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发表时间：
2015-05
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Alizadeh AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Newman AM;Liu CL;Green MR;Gentles AJ;Feng W;Xu Y;Hoang CD;Diehn M;Alizadeh AA
我们介绍CIBERSORT，一种从基因表达谱中表征复杂组织细胞组成的方法。当应用于从新鲜的，冷冻的，和固定的组织，包括实体瘤的RNA混合物中的造血子集的计数，CIBERSORT优于其他方法的噪音，未知的混合物的内容，和密切相关的细胞类型。CIBERSORT应该能够大规模分析RNA混合物的细胞生物标志物和治疗靶点（cibersort.stanford.edu）。
We introduce CIBERSORT, a method for characterizing cell composition of complex tissues from their gene expression profiles. When applied to enumeration of hematopoietic subsets in RNA mixtures from fresh, frozen, and fixed tissues, including solid tumors, CIBERSORT outperformed other methods with respect to noise, unknown mixture content, and closely related cell types. CIBERSORT should enable large-scale analysis of RNA mixtures for cellular biomarkers and therapeutic targets (http://cibersort.stanford.edu).