Genome-wide activation screens to increase adeno-associated virus production.
Genome-wide activation screens to increase adeno-associated virus production.
复制标题
全基因组激活筛选以增加与腺相关的病毒产生。
DOI：
10.1016/j.omtn.2021.06.026
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发表时间：
2021-12-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schaffer DV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barnes CR;Lee H;Ojala DS;Lewis KK;Limsirichai P;Schaffer DV
我们描述了一种全基因组筛选策略来识别目标基因，这些基因的调节可提高细胞产生重组腺相关病毒（AAV）载体的能力。具体来说，将用于基于 CRISPR 的全基因组转录激活筛选的单引导 RNA (sgRNA) 文库插入 AAV 载体中，在 HEK293 生产细胞中进行反复的病毒感染和拯救，从而富集 sgRNA 靶向基因，这些基因的上调增加了 AAV 的产量。鉴定出许多功能获得靶标，包括纺锤体和动粒相关复合亚基 2 (SKA2) 和肌醇 1,4,5-三磷酸受体相互作用蛋白 (ITPRIP)。此外，在稳定生产细胞系中对这些靶标进行单独或组合调节可增加载体基因组复制并加载到 AAV 病毒粒子中，从而使 AAV 制造能力提高高达 3.8 倍。我们的研究提供了一种有效的方法来设计病毒载体生产细胞系，并增强了我们对 SKA2 和 ITPRIP 在 AAV 包装中的作用的理解。 Schaffer 及其同事实施了全基因组激活筛选，以确定促进 AAV 产生的宿主细胞靶基因。特别是，SKA2 和 ITPRIP 的上调显着增加了 AAV 的产量，因为它们在促进载体基因组复制和 AAV 满/空衣壳比率方面发挥着作用。
We describe a genome-wide screening strategy to identify target genes whose modulation increases the capacity of a cell to produce recombinant adeno-associated viral (AAV) vector. Specifically, a single-guide RNA (sgRNA) library for a CRISPR-based genome-wide transcriptional activation screen was inserted into an AAV vector, and iterative rounds of viral infection and rescue in HEK293 producer cells enabled the enrichment of sgRNAs targeting genes whose upregulation increased AAV production. Numerous gain-of-function targets were identified, including spindle and kinetochore associated complex subunit 2 (SKA2) and inositol 1, 4, 5-trisphosphate receptor interacting protein (ITPRIP). Furthermore, individual or combinatorial modulation of these targets in stable producer cell lines increased vector genomic replication and loading into AAV virions, resulting in up to a 3.8-fold increase in AAV manufacturing capacity. Our study offers an efficient approach to engineer viral vector producer cell lines and enhances our understanding of the roles of SKA2 and ITPRIP in AAV packaging. Schaffer and colleagues implemented a genome-wide activation screen to identify host cell target genes that promote AAV production. In particular, SKA2 and ITPRIP upregulation significantly increased AAV production, due to their roles in promoting vector genome replication and the AAV full/empty capsid ratio.
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影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
3.5
作者：
Bolderson, E;Scorah, J;Meuth, M
通讯作者：
Meuth, M
DOI：
10.1016/j.omtm.2017.12.004
发表时间：
2018-06-15
期刊：
Molecular therapy. Methods & clinical development
影响因子：
--
作者：
Nass SA;Mattingly MA;Woodcock DA;Burnham BL;Ardinger JA;Osmond SE;Frederick AM;Scaria A;Cheng SH;O'Riordan CR
通讯作者：
O'Riordan CR
DOI：
10.1073/pnas.0504583102
发表时间：
2005-09-20
影响因子：
11.1
作者：
Berthet, C;Raj, K;Beard, P
通讯作者：
Beard, P
影响因子：
12.4
作者：
Koerber, James T.;Jang, Jae-Hyung;Schaffer, David V.
通讯作者：
Schaffer, David V.