Directory of useful decoys, enhanced (DUD-E): better ligands and decoys for better benchmarking.
Directory of useful decoys, enhanced (DUD-E): better ligands and decoys for better benchmarking.
复制标题
DOI：
10.1021/jm300687e
复制
发表时间：
2012-07-26
影响因子：
7.3
通讯作者：
Shoichet, Brian K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mysinger, Michael M.;Carchia, Michael;Irwin, John. J.;Shoichet, Brian K.
评估分子对接的一个关键指标仍然是针对具有挑战性的诱饵的配体富集。尽管有用诱饵（DUD）目录已被广泛使用，但也出现了明确的优化领域。在这里，我们描述了一个改进的基准测试集，其中包括更多样化的靶标，例如 GPCR 和离子通道，总共 102 个蛋白质，具有从 ChEMBL 中提取的 22886 个聚类配体，每个配体有 50 个从 ZINC 中提取的属性匹配的诱饵。为了确保化学型多样性，我们通过 Bemis-Murcko 原子框架对每个靶标的配体进行聚类。我们将净电荷添加到匹配的物理化学性质中，并且仅包括来自配体的拓扑结构最不同的诱饵。在线自动化工具 () 为用户提供的配体生成这些改进的匹配诱饵。我们通过对接所有 102 个靶标来测试该数据集，利用结果来改善 DOCK 3.6 中配体去溶剂化和静电之间的平衡。完整的 DUD-E 基准测试集可在 上免费获得。
A key metric to assess molecular docking remains ligand enrichment against challenging decoys. Whereas the directory of useful decoys (DUD) has been widely used, clear areas for optimization have emerged. Here we describe an improved benchmarking set that includes more diverse targets such as GPCRs and ion channels, totaling 102 proteins with 22886 clustered ligands drawn from ChEMBL, each with 50 property-matched decoys drawn from ZINC. To ensure chemotype diversity, we cluster each target’s ligands by their Bemis–Murcko atomic frameworks. We add net charge to the matched physicochemical properties and include only the most dissimilar decoys, by topology, from the ligands. An online automated tool () generates these improved matched decoys for user-supplied ligands. We test this data set by docking all 102 targets, using the results to improve the balance between ligand desolvation and electrostatics in DOCK 3.6. The complete DUD-E benchmarking set is freely available at .
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Gatica, Edgar A.;Cavasotto, Claudio N.
通讯作者：
Cavasotto, Claudio N.
影响因子：
2.9
作者：
Kellenberger, E;Rodrigo, J;Rognan, D
通讯作者：
Rognan, D
影响因子：
7.3
作者：
Hawkins, Paul C. D.;Skillman, A. Geoffrey;Nicholls, Anthony
通讯作者：
Nicholls, Anthony
影响因子：
3.5
作者：
Irwin, John J.
通讯作者：
Irwin, John J.
影响因子：
3.5
作者：
Jain, Ajay N.
通讯作者：
Jain, Ajay N.