Transcriptome-wide association study identifies multiple genes and pathways associated with pancreatic cancer.
Transcriptome-wide association study identifies multiple genes and pathways associated with pancreatic cancer.
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全转录组关联研究确定了与胰腺癌相关的多个基因和途径。
DOI：
10.1002/cam4.1836
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发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
4
通讯作者：
Han S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong L;Zhang D;Lei Y;Qian Y;Tan X;Han S
寻找胰腺癌新的候选基因。我们对胰腺癌（PC）进行了转录组全关联研究（TWAS）分析。GWAS汇总数据来自已发表的PC研究，共涉及1896例胰腺癌患者和1939例健康对照的558 542个snp。融合软件应用于PC GWAS汇总数据进行组织相关的TWAS分析，包括全血、外周血、脂肪和胰腺。通过Oncomine， STRING和CluePedia工具进一步验证鉴定的基因与PC的功能相关性。转录组全关联研究分析鉴定出19个与PC显著相关的基因，如LRP5L （P值= 5.21 × 10‐5）、SOX4 （P值= 3.2 × 10‐4）和EGLN3 （P值= 6.2 × 10‐3）。KEGG通路富集分析检测到多种与PC相关的通路，如叶酸（P值= 1.60 × 10‐16）、细胞周期（P值= 1.27 × 10‐7）、TGF‐β信号通路（P值= 4.64 × 10‐6）。进一步将这19个基因与先前在PC患者中发现的过表达基因进行比较，发现一个重叠基因SOX4。我们发现了一些新的候选基因和与PC相关的途径。我们的研究结果为胰腺癌的遗传机制研究提供了新的线索。
To identify novel candidate genes for pancreatic cancer. We performed a transcriptome‐wide association study (TWAS) analysis of pancreatic cancer (PC). GWAS summary data were driven from the published studies of PC, totally involving 558 542 SNPs in 1896 individuals with pancreatic cancer and 1939 healthy controls. FUSION software was applied to the PC GWAS summary data for tissue‐related TWAS analysis, including whole blood, peripheral blood, adipose, and pancreas. The functional relevance of identified genes with PC was further validated by Oncomine, STRING, and CluePedia tool. Transcriptome‐wide association study analysis identified 19 genes significantly associated with PC, such as LRP5L (P value = 5.21 × 10‐5), SOX4 (P value = 3.2 × 10‐4), and EGLN3 (P value = 6.2 × 10‐3). KEGG pathway enrichment analysis detected several PC‐associated pathways, such as One carbon pool by folate (P value = 1.60 × 10‐16), Cell cycle (P value = 1.27 × 10‐7), TGF‐beta signaling pathway (P value = 4.64 × 10‐6). Further comparing the 19 genes with previously identified overexpressed genes in PC patients found one overlapped gene SOX4. We identified some novel candidate genes and pathways associated with PC. Our results provide novel clues for the genetic mechanism studies of pancreatic cancer.
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DOI：
10.1615/critreveukargeneexpr.v21.i2.20
发表时间：
2011-01-01
影响因子：
1.6
作者：
Preis, Meir;Korc, Murray
通讯作者：
Korc, Murray
影响因子：
--
作者：
Li H;Wang X;Fang Y;Huo Z;Lu X;Zhan X;Deng X;Peng C;Shen B
通讯作者：
Shen B
基因工程小鼠模型中由致癌 Kras 突变引发的 PanIN 的生物学特征
影响因子：
9.7
作者：
Shen, Ruizhe;Wang, Qi;Wang, Lifu
通讯作者：
Wang, Lifu
影响因子：
4.8
作者：
Kuo, Yi-Chun;Huang, Kai-Yun;Chiang, Chi-Wu
通讯作者：
Chiang, Chi-Wu
影响因子：
4.8
作者：
Rhodes, DR;Yu, JJ;Chinnaiyan, AM
通讯作者：
Chinnaiyan, AM