Dizzy-Beats: a Bayesian evidence analysis tool for systems biology.
Dizzy-Beats: a Bayesian evidence analysis tool for systems biology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv062
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发表时间：
2015-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Akman OE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aitken S;Kilpatrick AM;Akman OE
动机：模型选择和参数推断是系统生物学长期关注的复杂问题。在竞争模型之间进行选择通常是因为基本的生化机制通常不完全清楚，因此必须考虑替代模型。参数推断产生关于数据和模型约束参数值的程度的重要信息。结果如下：我们报告Dizzy-Beats，一个图形化的Java贝叶斯证据分析工具，实现了嵌套采样-一种算法，可以估计贝叶斯证据Z的对数和模型参数的矩，从而解决了系统建模中的两个突出挑战。采用基于L1范数的似然函数，因为它一般适用于复制的时间序列数据。可用性和实施：http://sourceforge.net/p/bayesevidence/home/Home/联系人：s. ed.ac.uk
Motivation: Model selection and parameter inference are complex problems of long-standing interest in systems biology. Selecting between competing models arises commonly as underlying biochemical mechanisms are often not fully known, hence alternative models must be considered. Parameter inference yields important information on the extent to which the data and the model constrain parameter values. Results: We report Dizzy-Beats, a graphical Java Bayesian evidence analysis tool implementing nested sampling - an algorithm yielding an estimate of the log of the Bayesian evidence Z and the moments of model parameters, thus addressing two outstanding challenges in systems modelling. A likelihood function based on the L1-norm is adopted as it is generically applicable to replicated time series data. Availability and implementation: http://sourceforge.net/p/bayesevidence/home/Home/ Contact: s.aitken@ed.ac.uk
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影响因子：
--
作者：
Aitken S;Akman OE
通讯作者：
Akman OE
影响因子：
3.7
作者：
Pullen, Nick;Morris, Richard J.
通讯作者：
Morris, Richard J.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu675
发表时间：
2015-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Johnson R;Kirk P;Stumpf MP
通讯作者：
Stumpf MP
影响因子：
5.8
作者：
Vyshemirsky, Vladislav;Girolami, Mark
通讯作者：
Girolami, Mark
影响因子：
--
作者：
Schmidl D;Hug S;Li WB;Greiter MB;Theis FJ
通讯作者：
Theis FJ