BrainNet Viewer: a network visualization tool for human brain connectomics.
BrainNet Viewer: a network visualization tool for human brain connectomics.
复制标题
BrainNet Viewer：人脑连接组学的网络可视化工具
DOI：
10.1371/journal.pone.0068910
复制
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
He Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xia M;Wang J;He Y
人脑是一个复杂的系统，其拓扑结构可以用连接组学来表示。最近的研究表明，人类连接体可以使用各种神经成像技术构建，并使用复杂的分析策略（例如图论）进一步表征。这些方法揭示了健康人群中人脑网络的有趣拓扑结构，并探索了正常发育和衰老以及各种病理条件下的变化。然而，考虑到这种方法的巨大复杂性，基于图形的网络可视化工具箱仍然缺乏。在这里，使用MATLAB与图形用户界面（GUI），我们开发了一个图论网络可视化工具箱，称为BrainNet Viewer，以说明人类连接组作为球和棒模型。在这个工具箱中，可以加载带有连接体信息的定义文件的几种组合，以显示大脑表面、节点和边缘的不同组合。此外，显示属性，如网络元素的颜色和大小或图形的布局，可以在一个全面但易于使用的设置面板中进行调整。此外，BrainNet Viewer还可以按顺序绘制大脑表面、节点和边缘，并根据用户的要求以多个视图显示大脑网络。该图可以通过某些交互功能进行操作，以显示更详细的信息。此外，数字可以导出为常用的图像文件格式或演示视频，以供进一步使用。BrainNet Viewer帮助研究人员以简单、灵活和快速的方式可视化大脑网络，该软件可在NITRC网站（www.nitrc.org/projects/bnv/）上免费获得。
The human brain is a complex system whose topological organization can be represented using connectomics. Recent studies have shown that human connectomes can be constructed using various neuroimaging technologies and further characterized using sophisticated analytic strategies, such as graph theory. These methods reveal the intriguing topological architectures of human brain networks in healthy populations and explore the changes throughout normal development and aging and under various pathological conditions. However, given the huge complexity of this methodology, toolboxes for graph-based network visualization are still lacking. Here, using MATLAB with a graphical user interface (GUI), we developed a graph-theoretical network visualization toolbox, called BrainNet Viewer, to illustrate human connectomes as ball-and-stick models. Within this toolbox, several combinations of defined files with connectome information can be loaded to display different combinations of brain surface, nodes and edges. In addition, display properties, such as the color and size of network elements or the layout of the figure, can be adjusted within a comprehensive but easy-to-use settings panel. Moreover, BrainNet Viewer draws the brain surface, nodes and edges in sequence and displays brain networks in multiple views, as required by the user. The figure can be manipulated with certain interaction functions to display more detailed information. Furthermore, the figures can be exported as commonly used image file formats or demonstration video for further use. BrainNet Viewer helps researchers to visualize brain networks in an easy, flexible and quick manner, and this software is freely available on the NITRC website (www.nitrc.org/projects/bnv/).
登录
查看更多内容
DOI：
10.1523/jneurosci.1929-08.2008
发表时间：
2008-09-10
期刊：
The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
影响因子：
--
作者：
Bassett DS;Bullmore E;Verchinski BA;Mattay VS;Weinberger DR;Meyer-Lindenberg A
通讯作者：
Meyer-Lindenberg A
影响因子：
5.3
作者：
Achard, S;Salvador, R;Bullmore, ET
通讯作者：
Bullmore, ET
神经结构：在3D空间中建模神经元网络的工具。
影响因子：
16.2
作者：
Gleeson P;Steuber V;Silver RA
通讯作者：
Silver RA
影响因子：
3.7
作者：
Allen, Elena A.;Damaraju, Eswar;Calhoun, Vince D.
通讯作者：
Calhoun, Vince D.
DOI：
10.1073/pnas.1115365109
发表时间：
2012-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Fair, Damien A.;Bathula, Deepti;Nigg, Joel T.
通讯作者：
Nigg, Joel T.