Value of Temporal Information When Analyzing Reaction Coordinates.
Value of Temporal Information When Analyzing Reaction Coordinates.
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分析反应坐标时时间信息的价值。
DOI：
10.1021/acs.jctc.0c00678
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发表时间：
2020-10-13
影响因子：
5.5
通讯作者：
Makarov DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma P;Elber R;Makarov DE
反应坐标表示从反应物到化学反应产物的路径。因此，从分子轨迹系综中确定反应坐标一直是许多研究的焦点。一个广泛使用的和有见地的反应坐标选择是提交函数，定义为轨迹将在反应物之前到达产物的概率。在这里，我们考虑提交者函数的替代方案，它为产品添加了有用的机械信息，平均首次通过时间和退出时间。我们进一步推导出提交者的函数、平均首次通过时间和退出时间之间的简单关系。我们举例说明的多样性预测的机制替代反应坐标与几个玩具的问题，并与一个简单的模型蛋白质搜索一个特定的DNA基序。
Reaction coordinates chart pathways from reactants to products of chemical reactions. Determination of reaction coordinates from ensembles of molecular trajectories has thus been the focus of many studies. A widely used and insightful choice of a reaction coordinate is the committor function, defined as the probability that a trajectory will reach the product before the reactant. Here, we consider alternatives to the committor function that add useful mechanistic information, the mean first passage time, and the exit time to the product. We further derive a simple relationship between the functions of the committor, the mean first passage time, and the exit time. We illustrate the diversity of mechanisms predicted by alternative reaction coordinates with several toy problems and with a simple model of protein searching for a specific DNA motif.
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