Using thioamides to site-specifically interrogate the dynamics of hydrogen bond formation in β-sheet folding.
Using thioamides to site-specifically interrogate the dynamics of hydrogen bond formation in β-sheet folding.
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DOI：
10.1021/ja301681v
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发表时间：
2012-05-16
影响因子：
15
通讯作者：
Gai, Feng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Culik, Robert M.;Jo, Hyunil;DeGrado, William F.;Gai, Feng
硫代酰胺在空间上几乎与它们的草酰胺对应物相同，但相比之下是较弱的氢键受体。因此，硫代酰胺氨基酸是扰乱蛋白质中主链-主链氢键能量的极好候选者，因此应该有助于以位点特异性方式阐明蛋白质折叠机制。在这里，我们验证了这种方法，应用它来探测链间氢键形成在经过充分研究的β-发夹、色氨酸拉链的折叠动力学中的动态作用。我们的结果表明，降低肽骨架-骨架氢键的强度（除了紧邻β-转角的氢键外）不会改变折叠率，这表明β-发夹中的大多数天然链间氢键仅在折叠过渡状态后形成。
Thioamides are sterically almost identical to their oxoamide counterparts, but are weaker hydrogen bond acceptors in comparison. Therefore, thioamide amino acids are excellent candidates for perturbing the energetics of backbone-backbone hydrogen bonds in proteins and hence should be useful in elucidating protein folding mechanisms in a site-specific manner. Herein, we validate this approach by applying it to probe the dynamic role of interstrand hydrogen bond formation in the folding kinetics of a well-studied β-hairpin, tryptophan zipper. Our results show that reducing the strength of the peptide’s backbone-backbone hydrogen bonds, except the one directly next to the β-turn, does not change the folding rate, suggesting that most native interstrand hydrogen bonds in β-hairpins are formed only after the folding transition state.
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影响因子：
2.9
作者：
Dempsey, CE;Piggot, TJ;Mason, PE
通讯作者：
Mason, PE
DOI：
10.1073/pnas.1016685108
发表时间：
2011-07-05
影响因子：
11.1
作者：
Best, Robert B.;Mittal, Jeetain
通讯作者：
Mittal, Jeetain
影响因子：
2.9
作者：
Alemán, C
通讯作者：
Alemán, C
影响因子：
15
作者：
Dempsey, Christopher E.;Mason, Philip E.;Jungwirth, Pavel
通讯作者：
Jungwirth, Pavel
影响因子：
4.9
作者：
Huang, Joseph Jen-Tse;Larsen, Randy W.;Chan, Sunney I.
通讯作者：
Chan, Sunney I.