iMicrobe: Tools and data-driven discovery platform for the microbiome sciences
iMicrobe: Tools and data-driven discovery platform for the microbiome sciences
复制标题
iMicrobe：微生物组科学的工具和数据驱动的发现平台
DOI：
10.1093/gigascience/giz083
复制
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Hurwitz, Bonnie L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Youens-Clark, Ken;Bomhoff, Matt;Ponsero, Alise J;Wood-Charlson, Elisha M;Lynch, Joshua;Choi, Illyoung;Hartman, John H;Hurwitz, Bonnie L
背景科学家们已经积累了丰富的微生物组数据集，使得在种群或全球范围内研究生物和非生物系统中的微生物成为可能；然而，鉴于工具、数据集和计算在不同的储存库和地点都可用，这种潜力还没有完全实现。为了应对这一挑战，我们开发了iMicrobe.us，这是一个社区驱动的微生物组数据市场和工具交易所，供用户将他们自己的数据和工具与更广泛社区的数据和工具集成在一起。发现iMicrobe平台通过利用国家科学基金会支持的网络基础设施和来自CyVerse、Agave和XSEDE的计算资源，将分析工具和微生物组数据集整合在一起。IMicrobe的主要目的是为用户提供一个免费的、基于网络的平台，以(1)维护和共享项目数据、元数据和分析产品，(2)搜索相关的公共数据集，以及(3)使用和发布运行在高度可扩展的计算资源上的生物信息学工具。分析工具是在容器中实现的，这些容器封装了复杂的软件依赖关系，并通过Agid API在免费可用的XSEDE资源上运行，该API可以从CyVerse数据存储或任何可通过Web访问的位置(例如，FTP、HTTP)检索数据集。结论：Microbe通过在基于Web的平台中使研究社区可以访问开源数据和工具，促进了数据集成、共享和社区驱动的工具开发。
BackgroundScientists have amassed a wealth of microbiome datasets, making it possible to study microbes in biotic and abiotic systems on a population or planetary scale; however, this potential has not been fully realized given that the tools, datasets, and computation are available in diverse repositories and locations. To address this challenge, we developed iMicrobe.us, a community-driven microbiome data marketplace and tool exchange for users to integrate their own data and tools with those from the broader community.FindingsThe iMicrobe platform brings together analysis tools and microbiome datasets by leveraging National Science Foundation–supported cyberinfrastructure and computing resources from CyVerse, Agave, and XSEDE. The primary purpose of iMicrobe is to provide users with a freely available, web-based platform to (1) maintain and share project data, metadata, and analysis products, (2) search for related public datasets, and (3) use and publish bioinformatics tools that run on highly scalable computing resources. Analysis tools are implemented in containers that encapsulate complex software dependencies and run on freely available XSEDE resources via the Agave API, which can retrieve datasets from the CyVerse Data Store or any web-accessible location (e.g., FTP, HTTP).ConclusionsiMicrobe promotes data integration, sharing, and community-driven tool development by making open source data and tools accessible to the research community in a web-based platform.
影响因子：
9.8
作者：
Merchant N;Lyons E;Goff S;Vaughn M;Ware D;Micklos D;Antin P
通讯作者：
Antin P
Agave 平台：一个开放的、科学即服务的数字科学平台
DOI：
--
发表时间：
2018
期刊：
Practice and Experience in Advanced Research Computing
影响因子：
--
作者：
R. Dooley;Steven R. Brandt;John M. Fonner
通讯作者：
John M. Fonner
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu843
发表时间：
2015-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Meinicke P
通讯作者：
Meinicke P