X-inactivation: quantitative predictions of protein interactions in the Xist network.
X-inactivation: quantitative predictions of protein interactions in the Xist network.
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DOI：
10.1093/nar/gks968
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发表时间：
2013-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tartaglia GG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Agostini F;Cirillo D;Bolognesi B;Tartaglia GG
雌性x染色体的转录沉默是一个精细调控的过程，它需要长链非编码RNA x无活性特异性转录物（Xist）的顺式积累，随后是一系列的表观遗传修饰。关于调节染色体沉默起始和维持的分子机制知之甚少。在这里，我们引入了一个新版本的catRAPID算法来研究Xist与一些参与表观遗传调控、核支架、转录和剪接过程的蛋白质的关联。我们的方法正确识别蛋白质相互作用的结合区域和亲和力，为研究x染色体失活和其他由核糖核蛋白结合介导的事件提供了强大的理论框架。
The transcriptional silencing of one of the female X-chromosomes is a finely regulated process that requires accumulation in cis of the long non-coding RNA X-inactive-specific transcript (Xist) followed by a series of epigenetic modifications. Little is known about the molecular machinery regulating initiation and maintenance of chromosomal silencing. Here, we introduce a new version of our algorithm catRAPID to investigate Xist associations with a number of proteins involved in epigenetic regulation, nuclear scaffolding, transcription and splicing processes. Our method correctly identifies binding regions and affinities of protein interactions, providing a powerful theoretical framework for the study of X-chromosome inactivation and other events mediated by ribonucleoprotein associations.
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