CLARK: fast and accurate classification of metagenomic and genomic sequences using discriminative k-mers.
CLARK: fast and accurate classification of metagenomic and genomic sequences using discriminative k-mers.
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克拉克：使用判别性k-mers对宏基因组和基因组序列进行快速准确分类。
DOI：
10.1186/s12864-015-1419-2
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发表时间：
2015-03-25
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Lonardi S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ounit R;Wanamaker S;Close TJ;Lonardi S
有监督的DNA序列分类问题出现在计算分子生物学的几个领域中。虽然这个问题已经被广泛研究，但由于现代测序技术可以产生的数据集的大小，它仍然是计算上具有挑战性的。我们介绍了Clark一种新的方法，在物种或属水平上对宏基因组读数进行高精度和高速度的分类。对各种宏基因组样本的广泛实验结果表明，Clark的分类准确性优于或可与最先进的工具相媲美，并且比任何竞争对手都要快得多。在其最快的单线程模式下，Clark每分钟可以高精度地分类约3200万个宏基因组短读段。Clark还可以将BAC克隆或转录物分类到染色体臂和着丝粒区域。Clark是一种通用、快速、准确的序列分类方法，特别适用于宏基因组学和基因组学应用。它可以在http://clark.cs.ucr.edu/上免费获得。本文的在线版本（doi：10.1186/s12864-015-1419-2）包含补充材料，可供授权用户使用。
The problem of supervised DNA sequence classification arises in several fields of computational molecular biology. Although this problem has been extensively studied, it is still computationally challenging due to size of the datasets that modern sequencing technologies can produce. We introduce Clark a novel approach to classify metagenomic reads at the species or genus level with high accuracy and high speed. Extensive experimental results on various metagenomic samples show that the classification accuracy of Clark is better or comparable to the best state-of-the-art tools and it is significantly faster than any of its competitors. In its fastest single-threaded mode Clark classifies, with high accuracy, about 32 million metagenomic short reads per minute. Clark can also classify BAC clones or transcripts to chromosome arms and centromeric regions. Clark is a versatile, fast and accurate sequence classification method, especially useful for metagenomics and genomics applications. It is freely available at http://clark.cs.ucr.edu/. The online version of this article (doi:10.1186/s12864-015-1419-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
56.9
作者：
Venter, JC;Remington, K;Smith, HO
通讯作者：
Smith, HO
影响因子：
14.9
作者：
Tu Q;He Z;Zhou J
通讯作者：
Zhou J
影响因子：
4.3
作者：
Lonardi S;Duma D;Alpert M;Cordero F;Beccuti M;Bhat PR;Wu Y;Ciardo G;Alsaihati B;Ma Y;Wanamaker S;Resnik J;Bozdag S;Luo MC;Close TJ
通讯作者：
Close TJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt389
发表时间：
2013-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ames SK;Hysom DA;Gardner SN;Lloyd GS;Gokhale MB;Allen JE
通讯作者：
Allen JE
影响因子：
48
作者：
Mavromatis, Konstantinos;Ivanova, Natalia;Kyrpides, Nikos C.
通讯作者：
Kyrpides, Nikos C.