Solution structure of the apical stem-loop of the human hepatitis B virus encapsidation signal.
Solution structure of the apical stem-loop of the human hepatitis B virus encapsidation signal.
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DOI：
10.1093/nar/gkl582
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wijmenga S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flodell S;Petersen M;Girard F;Zdunek J;Kidd-Ljunggren K;Schleucher J;Wijmenga S
乙型肝炎病毒（HBV）的复制是由HBV RT与RNA前基因组5 '端高度保守的囊化信号epsilon结合而启动的。Epsilon包含一个顶端茎环，其残基要么完全保守，要么显示罕见的非破坏性突变。本文基于NOE， RDC和1H化学位移NMR数据，给出了顶端茎环的结构。1H化学位移被证明是定义环构象的关键。环状序列5 ‘ -CUGUGC-3 ’折叠成一个UGU三环，带有一个CG关闭碱基对和一个凸出的C，从而形成一个伪三环，这是一种被提出的蛋白质识别基序。在最符合实验数据的UGU环构象中，鸟嘌呤核碱基位于次要槽面，两个尿嘧啶碱基位于主要槽面。下面的螺旋被一个保守的非成对U型凸起所破坏。这种U型凸起采用多种构象，核碱基要么位于主槽中，要么从小槽侧部分嵌入螺旋中，并弯曲螺旋杆。伪三环基序，连同U型凸起，可能是病毒RT最初识别epsilon的重要锚点。
Hepatitis B virus (HBV) replication is initiated by HBV RT binding to the highly conserved encapsidation signal, epsilon, at the 5′ end of the RNA pregenome. Epsilon contains an apical stem–loop, whose residues are either totally conserved or show rare non-disruptive mutations. Here we present the structure of the apical stem–loop based on NOE, RDC and 1H chemical shift NMR data. The 1H chemical shifts proved to be crucial to define the loop conformation. The loop sequence 5′-CUGUGC-3′ folds into a UGU triloop with a CG closing base pair and a bulged out C and hence forms a pseudo-triloop, a proposed protein recognition motif. In the UGU loop conformations most consistent with experimental data, the guanine nucleobase is located on the minor groove face and the two uracil bases on the major groove face. The underlying helix is disrupted by a conserved non-paired U bulge. This U bulge adopts multiple conformations, with the nucleobase being located either in the major groove or partially intercalated in the helix from the minor groove side, and bends the helical stem. The pseudo-triloop motif, together with the U bulge, may represent important anchor points for the initial recognition of epsilon by the viral RT.
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