15N CPMG Relaxation Dispersion for the Investigation of Protein Conformational Dynamics on the µs-ms Timescale.
15N CPMG Relaxation Dispersion for the Investigation of Protein Conformational Dynamics on the µs-ms Timescale.
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DOI：
10.3791/62395
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发表时间：
2021-04-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Venditti V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Singh A;Purslow JA;Venditti V
蛋白质构象动力学在酶催化、配体结合、变构和信号传导等重要的生物过程的调节中发挥着重要作用。了解结构和动力学之间的平衡如何控制生物功能是现代结构生物学的一个新领域，并引发了多项技术和方法的发展。其中，CPMG弛豫分散溶液核磁共振方法提供了有关μs-ms时间尺度上蛋白质构象平衡的结构、动力学和热力学的独特的原子分辨率信息。在这里，我们提出了 15N 弛豫色散实验的采集和分析的详细协议。作为一个例子，我们展示了细菌酶 I C 端结构域中 μs-ms 动力学分析的流程。我们提供了我们实验室实施的协议的详细描述，用于通过溶液 NMR 光谱采集和分析 15N 弛豫分散曲线。
Protein conformational dynamics play fundamental roles in regulation of enzymatic catalysis, ligand binding, allostery, and signaling, which are important biological processes. Understanding how the balance between structure and dynamics governs biological function is a new frontier in modern structural biology, and has ignited several technical and methodological developments. Among these, CPMG relaxation dispersion solution NMR methods provide unique, atomic‐resolution information on the structure, kinetics, and thermodynamics of protein conformational equilibria occurring on the μs‐ms timescale. Here, we present detailed protocols for acquisition and analysis of 15N relaxation dispersion experiments. As an example, we show the pipeline for the analysis of the μs‐ms dynamics in the C‐terminal domain of bacteria Enzyme I. We provide a detailed description of the protocol implemented in our laboratory for acquisition and analysis of 15N relaxation dispersion profiles by solution NMR spectroscopy.
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