Accurate structure prediction of peptide-MHC complexes for identifying highly immunogenic antigens.
Accurate structure prediction of peptide-MHC complexes for identifying highly immunogenic antigens.
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DOI：
10.1016/j.molimm.2013.04.011
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发表时间：
2013-11
影响因子：
3.6
通讯作者：
Lee HY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Park MS;Park SY;Miller KR;Collins EJ;Lee HY
设计一种最佳的HIV-1疫苗面临着识别诱导广泛免疫能力的抗原的挑战。控制T细胞应答宽度的一个因素是肽-MHC复合物的表面形态。在这里，我们提出了一个预测肽-MHC结构的计算机协议。在全原子分子动力学过程中，确定了一个强大的签名的构象转变，这导致在一个具有高精度的模型。在构建我们的方案中使用了一个大的测试集，并且我们进一步使用野生型肽和两个高免疫原性突变体的盲法测试，其预测了两个突变体中的实质性构象变化。类似物的位置5处的中心残基被配置为可接近溶剂，形成突出的表面，而野生型肽的残基横向指向结合裂缝的侧面。然后，我们通过实验确定了盲测试集的结构，使用高分辨率的X射线晶体学，其验证了预测的构象变化。我们的观察结果强烈支持肽-MHC复合物的表面形态与其免疫原性的正相关性。我们的研究为通过鉴定MHC结合免疫原来增强疫苗的免疫原性提供了前景。
Designing an optimal HIV-1 vaccine faces the challenge of identifying antigens that induce a broad immune capacity. One factor to control the breadth of T cell responses is the surface morphology of a peptide-MHC complex. Here, we present an in silico protocol for predicting peptide-MHC structure. A robust signature of a conformational transition was identified during all-atom molecular dynamics, which results in a model with high accuracy. A large test set was used in constructing our protocol and we went another step further using a blind test with a wild-type peptide and two highly immunogenic mutants, which predicted substantial conformational changes in both mutants. The center residues at position five of the analogs were configured to be accessible to solvent, forming a prominent surface, while the residue of the wild-type peptide was to point laterally towards the side of the binding cleft. We then experimentally determined the structures of the blind test set, using high resolution of X-ray crystallography, which verified predicted conformational changes. Our observation strongly supports a positive association of the surface morphology of a peptide-MHC complex to its immunogenicity. Our study offers the prospect of enhancing immunogenicity of vaccines by identifying MHC binding immunogens.
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影响因子：
64.8
作者：
COLLINS, EJ;GARBOCZI, DN;WILEY, DC
通讯作者：
WILEY, DC
影响因子：
30.5
作者：
Frahm, N;Kiepiela, P;Brander, C
通讯作者：
Brander, C
DOI：
10.1073/pnas.0711682102
发表时间：
2008-02-12
影响因子：
11.1
作者：
La Gruta, Nicole L.;Thomas, Paul G.;Turner, Stephen J.
通讯作者：
Turner, Stephen J.
影响因子：
4.8
作者：
Buslepp, J;Zhao, R;Collins, EJ
通讯作者：
Collins, EJ
DOI：
10.1073/pnas.0408098102
发表时间：
2005-05-10
影响因子：
11.1
作者：
Best, RB;Hummer, G
通讯作者：
Hummer, G