Genome-wide survey of microRNA-transcription factor feed-forward regulatory circuits in human.
Genome-wide survey of microRNA-transcription factor feed-forward regulatory circuits in human.
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DOI：
10.1039/b900177h
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发表时间：
2009-08
影响因子：
--
通讯作者：
Caselle M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Re A;Corá D;Taverna D;Caselle M
在这项工作中，我们描述了一个计算框架，用于人类混合转录/转录后调节回路的全基因组识别和表征。在这项工作中，我们描述了一个计算框架，用于人类混合转录/转录后调节回路的全基因组识别和表征。我们特别关注前馈环（FFL），其中主转录因子调节 microRNA，并与其一起调节一组联合靶蛋白编码基因。电路通过两步程序组装。我们首先通过寻找人类和小鼠启动子以及 3'-UTR 中保守的过度表达基序，分别构建了人类调控网络的转录和转录后组件。然后，我们将两个子网络结合起来寻找混合前馈调节相互作用，总共找到了 638 个假定（合并）的 FFL。为了研究它们的生物学相关性，我们使用三个选择标准过滤这些回路：(I) FFL 联合目标之间的基因本体富集，(II) 从外部数据库提取的 FFL 调节相互作用的独立计算证据，以及 (III) FFL 在癌症中的相关性。大多数选定的 FFL 似乎涉及生物体发育和分化的各个方面。我们最后详细讨论了一些最有趣的案例。
In this work, we describe a computational framework for the genome-wide identification and characterization of mixed transcriptional/post-transcriptional regulatory circuits in humans. In this work, we describe a computational framework for the genome-wide identification and characterization of mixed transcriptional/post-transcriptional regulatory circuits in humans. We concentrated in particular on feed-forward loops (FFL), in which a master transcription factor regulates a microRNA, and together with it, a set of joint target protein coding genes. The circuits were assembled with a two step procedure. We first constructed separately the transcriptional and post-transcriptional components of the human regulatory network by looking for conserved over-represented motifs in human and mouse promoters, and 3′-UTRs. Then, we combined the two subnetworks looking for mixed feed-forward regulatory interactions, finding a total of 638 putative (merged) FFLs. In order to investigate their biological relevance, we filtered these circuits using three selection criteria: (I) GeneOntology enrichment among the joint targets of the FFL, (II) independent computational evidence for the regulatory interactions of the FFL, extracted from external databases, and (III) relevance of the FFL in cancer. Most of the selected FFLs seem to be involved in various aspects of organism development and differentiation. We finally discuss a few of the most interesting cases in detail.
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