AgeStrucNb: Software for Simulating and Detecting Changes in the Effective Number of Breeders (Nb)
AgeStrucNb: Software for Simulating and Detecting Changes in the Effective Number of Breeders (Nb)
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AgeStrucNb：用于模拟和检测有效育种者数量 (Nb) 变化的软件
DOI：
10.1093/jhered/esaa028
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发表时间：
2020
影响因子：
3.1
通讯作者：
Hand, Brian K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antao, Tiago;Cosart, Ted;Trethewey, Brian;Waples, Robin S;Ackerman, Mike W;Luikart, Gordon;Hand, Brian K
近年来，利用单样本dna标记方法估计每个繁殖事件（Nb）的有效育种者数量迅速增长。然而，在年龄结构的种群中估计nbi是困难的，因为估计器的性能受到theNb/Neratio的影响，这在不同生活史的物种中是不同的。我们提供了一个计算机程序，agestrucb，来模拟年龄结构的人口（包括生活史），并估计。agestrucnbprogram由4个主要组件组成，用于模拟、子样本、估计，然后可视化时间序列数据。agestrucn允许用户量化任何一组基因座或样本量的精度和准确性，以估计许多物种和种群的enb。agestrucn允许用户进行功率分析以评估灵敏度，以检测可能驱动nb变化的波段环境变量（如温度、栖息地质量、捕食者或病原体丰度）趋势之间的相关性。该软件使用LDNe（连锁不平衡）方法为经验数据集提供nb估计，包括出版质量的输出图，并以Genepop格式输出基因型文件，供其他程序使用。agestrucb将有助于推进遗传标记监测nb的应用，这将有助于生物学家检测种群的下降和增长，这对自然种群和管理种群的研究和保护至关重要。
Estimation of the effective number of breeders per reproductive event (Nb) using single sample DNA-marker-based methods has rapidly grown in recent years. However, estimatingNbis difficult in age-structured populations because the performance of estimators is influenced by theNb/Neratio, which varies among species with different life histories. We provide a computer program,AgeStrucNb, to simulate age-structured populations (including life history) and also estimateNb. TheAgeStrucNbprogram is composed of 4 major components to simulate, subsample, estimate, and then visualizeNbtime series data.AgeStrucNballows users to also quantify the precision and accuracy of any set of loci or sample size to estimateNbfor many species and populations.AgeStrucNballows users to conduct power analysis to evaluate sensitivity to detect changes inNbor the power to detect a correlation between trends inNband environmental variables (e.g., temperature, habitat quality, predator or pathogen abundance) that could be driving changes inNb. The software providesNbestimates for empirical data sets using the LDNe (linkage disequilibrium) method, includes publication-quality output graphs, and outputs genotype files in Genepop format for use in other programs.AgeStrucNbwill help advance the application of genetic markers for monitoringNb, which will help biologists to detect population declines and growth, which is crucial for research and conservation of natural and managed populations.
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