Fragment-based docking: development of the CHARMMing Web user interface as a platform for computer-aided drug design.
Fragment-based docking: development of the CHARMMing Web user interface as a platform for computer-aided drug design.
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DOI：
10.1021/ci500322k
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发表时间：
2014-09-22
影响因子：
5.6
通讯作者：
Woodcock HL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pevzner Y;Frugier E;Schalk V;Caflisch A;Woodcock HL
基于Web的科学应用程序用户界面是重要的工具，使研究人员能够利用广泛的软件包与互联网连接和浏览器。1这样的接口，CHARMMing（CHARMM接口和图形），方便访问强大的和广泛使用的分子软件包CHARMM。CHARMMing结合了分子结构分析、动力学、多尺度建模和计算生命科学家常用的其他技术等任务。我们已经扩展了CHARMMing的功能，包括一个基于片段的对接协议，允许用户直接通过CHARMMing Web服务器或使用通过Web界面生成的自包含的作业脚本在计算资源上执行分子对接和虚拟筛选计算。对接方案通过执行一系列“重新对接”与顶级商业对接软件直接比较来评估。评估结果表明，CHARMMing的对接实施是许多广泛使用的软件包相媲美，并验证了使用新的CHARMM广义力场对接和虚拟筛选。
Web-based user interfaces to scientific applications are important tools that allow researchers to utilize a broad range of software packages with just an Internet connection and a browser.1 One such interface, CHARMMing (CHARMM interface and graphics), facilitates access to the powerful and widely used molecular software package CHARMM. CHARMMing incorporates tasks such as molecular structure analysis, dynamics, multiscale modeling, and other techniques commonly used by computational life scientists. We have extended CHARMMing’s capabilities to include a fragment-based docking protocol that allows users to perform molecular docking and virtual screening calculations either directly via the CHARMMing Web server or on computing resources using the self-contained job scripts generated via the Web interface. The docking protocol was evaluated by performing a series of “re-dockings” with direct comparison to top commercial docking software. Results of this evaluation showed that CHARMMing’s docking implementation is comparable to many widely used software packages and validates the use of the new CHARMM generalized force field for docking and virtual screening.
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