基于数据挖掘分析GALNT2基因在肺腺癌中的表达及临床意义
基于数据挖掘分析GALNT2基因在肺腺癌中的表达及临床意义
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DOI：
10.11855/j.issn.0577-7402.2021.10.04
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
孙朝晖
中科院分区：
文献类型：
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作者：
陈凯锐;童华生;周泉;孙朝晖
目的基于数据挖掘探索N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(GALNT2)基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法利用Oncomine数据库对GALNT2基因在肺腺癌中的表达进行荟萃分析;利用UALCAN平台分析TCGA及CPTAC数据库中肺腺癌和正常组织中GALNT2基因的表达情况及其与临床特征的关系;采用KM-plotter网站对肺腺癌中GALNT2表达量与预后的关系进行分析;利用cBioportal在线分析工具分析GALNT2基因在肺腺癌中的突变情况;使用String数据库构建相关蛋白网络并进行功能富集分析。结果Oncomine数据库荟萃分析结果显示,肺腺癌组织中GALNT2的mRNA表达及DNA拷贝数变异(CNV)明显高于正常组织(P<0.001)。UALCAN平台分析结果显示,肺腺癌患者肿瘤组织中GALNT2的mRNA及蛋白表达水平明显高于正常组织,但其表达水平与患者临床病理特征不相关。cBioportal在线分析工具结果显示,在503例肺腺癌样本中共有52例样本发生GALNT2基因变异,变异率约为10%。KM-plotter生存曲线分析结果显示,GALNT2高表达组及GALNT2变异组的总体生存期短于GALNT2低表达组及无变异组(P<0.001)。多因素Cox回归分析结果显示,GALNT2高表达是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.48,P=0.01)。String数据库分析结果表明,GALNT1、RAB6A、RAB6B、DYNC1H1、DYNC1LI1、DCTNs、CAPZAs及多种黏蛋白与GALNT2具有明显的相互作用,主要参与的生物学过程有蛋白质丝氨酸苏氨酸O型糖基化、细胞器微管运输及白细胞介素-17信号通路。结论数据挖掘结果表明GALNT2在肺腺癌组织中呈高表达,具有较高的基因变异频率,且与患者预后不良相关。