Transcript design problem of oritatami systems
Transcript design problem of oritatami systems
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oritatami系统的抄本设计问题
DOI：
10.1007/s11047-019-09776-0
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发表时间：
2020
影响因子：
2.1
通讯作者：
Seki Shinnosuke
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han Yo-Sub;Kim Hwee;Seki Shinnosuke
RNA共转录折叠是指RNA转录物在从基因合成出来的同时自身折叠的现象。Oritatami模型是这一现象的计算模型，它通过珠子之间的相互作用，使珠子（抽象分子）的序列（转录本）按照其规则进行共转录折叠。我们研究的问题，设计一个转录本，折叠成给定的构象，使用给定的规则，这是所谓的转录本设计问题。我们证明了这个问题是计算上难以解决的（NP-难）。然后，我们设计了有效的多时间算法的附加限制oritatami系统。
RNA cotranscriptional folding refers to the phenomenon in which an RNA transcript folds upon itself while being synthesized out of a gene. Oritatami model is a computation model of this phenomenon, which lets its sequence (transcript) of beads (abstract molecules) fold cotranscriptionally by the interactions between beads according to its ruleset. We study the problem of designing a transcript that folds into the given conformation using the given ruleset, which is called the transcript design problem. We prove that the problem is computationally difficult to solve (NP-hard). Then we design efficient poly-time algorithms with additional restrictions on the oritatami system.
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影响因子：
9.5
作者：
Churkin A;Retwitzer MD;Reinharz V;Ponty Y;Waldispühl J;Barash D
通讯作者：
Barash D
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
用 Oritatami 系统构建几何结构
DOI：
10.1007/978-3-030-00030-1_11
发表时间：
2018
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Yo;Hwee Kim
通讯作者：
Hwee Kim
影响因子：
1.1
作者：
Hales, Jozef;Heliou, Alice;Stacho, Ladislav
通讯作者：
Stacho, Ladislav
证明 Oritatami 共转录折叠的图灵普遍性
DOI：
10.4230/lipics.isaac.2018.23
发表时间：
2018
期刊：
Proceedings of the 29th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2018, Jiaoxi, Taiwan, Dec. 16-19, 2018)
影响因子：
--
作者：
Cody Geary;Pierre-Etienne Meunier;Nicolas Schabanel;Shinnosuke Seki
通讯作者：
Shinnosuke Seki