The influence of different structure representations on the clustering of an RNA nucleotides data set
The influence of different structure representations on the clustering of an RNA nucleotides data set
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DOI：
10.1021/ci0103626
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发表时间：
2001-09-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Buydens, LMC
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Reijmers, TH;Wehrens, R;Buydens, LMC
在过去的几年里，大量的数据已经出现在生物分子结构测定领域。为了探索隐藏在这些结构数据库中的信息，可以使用聚类技术。聚类实验的结果在很大程度上取决于数据的表示方式;因此，选择如何表示分子结构信息是非常重要的。本文介绍了什么样的聚类的不同表示的影响是，以及如何可以通过树状图比较方法进行分析。所有实验均使用由RNA三核苷酸组成的数据集进行。除了最基本的结构表示，笛卡尔坐标表示，几个其他的结构表示使用。
The last couple of years an overwhelming amount of data has emerged in the field of biomolecular structure determination. To explore information hidden in these structure databases, clustering techniques can be used. The outcome of the clustering experiments largely depends, among others, on the way the data is represented; therefore, the choice how to represent the molecular structure information is extremely important. This article describes what the influence of the different representations on the clustering is and how it can be analyzed by means of a dendrogram comparison method. All experiments are performed using a data set consisting of RNA trinucleotides. Besides the most basic structure representation, the Cartesian coordinates representation, several other structure representations are used.