Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization.
Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
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发表时间：
2011-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ideker T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
摘要：Cytoscape是一款用于生物网络可视化和数据整合的流行生物信息学软件包。2.8版本引入了两个强大的新特性——自定义节点图形和属性方程，它们可以联合使用，极大地增强Cytoscape的数据整合和可视化能力。自定义节点图形允许将图像投射到节点上，包括动态生成的或位于远程位置的图像。属性方程为Cytoscape提供了类似电子表格的功能，其中一个属性的值可根据其他属性和网络特性动态计算。
可用性和实现：Cytoscape是一个依据GNU库通用公共许可证（LGPL）发布的桌面Java应用程序。Cytoscape 2.8的二进制安装包和源代码可从http://cytoscape.org下载。
联系方式：msmoot@ucsd.edu
Summary: Cytoscape is a popular bioinformatics package for biological network visualization and data integration. Version 2.8 introduces two powerful new features—Custom Node Graphics and Attribute Equations—which can be used jointly to greatly enhance Cytoscape's data integration and visualization capabilities. Custom Node Graphics allow an image to be projected onto a node, including images generated dynamically or at remote locations. Attribute Equations provide Cytoscape with spreadsheet-like functionality in which the value of an attribute is computed dynamically as a function of other attributes and network properties. Availability and implementation: Cytoscape is a desktop Java application released under the Library Gnu Public License (LGPL). Binary install bundles and source code for Cytoscape 2.8 are available for download from http://cytoscape.org. Contact: msmoot@ucsd.edu
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DOI：
10.1073/pnas.0606914104
发表时间：
2007-01-23
影响因子：
11.1
作者：
Tan, Kai;Shlomi, Tomer;Sharan, Roded
通讯作者：
Sharan, Roded
DOI：
10.1073/pnas.0806746106
发表时间：
2009-02-10
影响因子：
11.1
作者：
Fowler, James H.;Dawes, Christopher T.;Christakis, Nicholas A.
通讯作者：
Christakis, Nicholas A.
影响因子：
14.8
作者：
Cline, Melissa S.;Smoot, Michael;Bader, Gary D.
通讯作者：
Bader, Gary D.
影响因子：
7
作者：
Shannon, P;Markiel, A;Ideker, T
通讯作者：
Ideker, T