Assessing significance in high-throughput experiments by sequential goodness of fit and q-value estimation.
Assessing significance in high-throughput experiments by sequential goodness of fit and q-value estimation.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0024700
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
de Uña-Alvarez J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carvajal-Rodriguez A;de Uña-Alvarez J
我们开发了一种新的多重假设检验调整，称为SGoF+，实现为序列拟合优度元检验，它是对先前算法SGoF的修改，利用p值分布的信息来固定拒绝区域。新方法使用基于p值均匀分布与观测值之间的最大距离的判别规则来设置二项检验的null。这种新方法比SGoF具有更好的功率/pFDR比。实际上，在SGoF算法家族中，SGoF+会自动设置导致最大功率和最小错误非发现率的阈值。此外，我们建议将sof +提供的信息与拒绝给定一组null时所提交的FDR估计结合起来。我们研究了不同的正错误发现率、pFDR、估计方法，将q值估计与SGoF+方法提供的信息结合起来。模拟表明，将SGoF+ metatest与q值信息相结合是处理多个测试问题的一种有趣策略。这些技术在SGoF+软件的最新版本中提供，可在http://webs.uvigo.es/acraaj/SGoF.htm免费获得。
We developed a new multiple hypothesis testing adjustment called SGoF+ implemented as a sequential goodness of fit metatest which is a modification of a previous algorithm, SGoF, taking advantage of the information of the distribution of p-values in order to fix the rejection region. The new method uses a discriminant rule based on the maximum distance between the uniform distribution of p-values and the observed one, to set the null for a binomial test. This new approach shows a better power/pFDR ratio than SGoF. In fact SGoF+ automatically sets the threshold leading to the maximum power and the minimum false non-discovery rate inside the SGoF' family of algorithms. Additionally, we suggest combining the information provided by SGoF+ with the estimate of the FDR that has been committed when rejecting a given set of nulls. We study different positive false discovery rate, pFDR, estimation methods to combine q-value estimates jointly with the information provided by the SGoF+ method. Simulations suggest that the combination of SGoF+ metatest with the q-value information is an interesting strategy to deal with multiple testing issues. These techniques are provided in the latest version of the SGoF+ software freely available at http://webs.uvigo.es/acraaj/SGoF.htm.
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DOI：
10.1111/j.1467-9868.2004.00439.x
发表时间：
2004-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Storey, JD;Taylor, JE;Siegmund, D
通讯作者：
Siegmund, D
DOI：
10.1111/1467-9868.00346
发表时间：
2002-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Storey, JD
通讯作者：
Storey, JD
影响因子：
3
作者：
Kim KI;van de Wiel MA
通讯作者：
van de Wiel MA
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
DOI：
10.1198/016214506000001211
发表时间：
2007-03-01
影响因子：
3.7
作者：
Efron, Bradley
通讯作者：
Efron, Bradley