Cooperative stabilization of Zn(2+):DNA complexes through netropsin binding in the minor groove of FdU-substituted DNA.
Cooperative stabilization of Zn(2+):DNA complexes through netropsin binding in the minor groove of FdU-substituted DNA.
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DOI：
10.1080/07391102.2012.732343
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发表时间：
2013
影响因子：
4.4
通讯作者：
Gmeiner WH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ghosh S;Salsbury FR Jr;Horita DA;Gmeiner WH
基于核磁共振光谱、圆二色性（CD）和计算模型研究，证明了netropsin在小槽中同时结合，Zn2+在DNA发夹的主槽中同时结合，其中包括3 ‘端（3 ’ FdU）连续的10个FdU核苷酸。所得Zn2+ /netropsin: 3'FdU配合物在85°C时具有非常高的热稳定性，配合物的各个方面完好无损，导致Mg2+配合物完全解离。CD和19F核磁共振谱分析结果与DNA双链主槽的Zn2+结合一致，并利用连续FdU核苷酸的F5和O4作为配体，FdU核苷酸在配合物中半去质子化。Netropsin结合在DNA双工的小凹槽中，基于二维noesi数据显示ah21h和Netropsin 1H共振之间的接触。Zn2+/netropsin: 3'FdU复合物对PC3前列腺癌（PCa）细胞的细胞毒性相对于其组成成分或单独的复合物（例如Zn2+: 3'FdU）显示出更高的细胞毒性，这表明这种新的结构基元可能对PCa治疗有用。
The simultaneous binding of netropsin in the minor groove and Zn2+ in the major groove of a DNA hairpin that includes 10 consecutive FdU nucleotides at the 3′-terminus (3’FdU) was demonstrated based upon NMR spectroscopy, circular dichroism (CD), and computational modeling studies. The resulting Zn2+ /netropsin:3’FdU complex had very high thermal stability with aspects of the complex intact at 85 °C, conditions that result in complete dissociation of Mg2+ complexes. CD and 19F NMR spectroscopy were consistent with Zn2+ binding in the major groove of the DNA duplex and utilizing F5 and O4 of consecutive FdU nucleotides as ligands with FdU nucleotides hemi-deprotonated in the complex. Netropsin is bound in the minor groove of the DNA duplex based upon 2D NOESY data demonstrating contacts between AH2 1H and netropsin 1H resonances. The Zn2+/netropsin:3’FdU complex displayed increased cytotoxicity towards PC3 prostate cancer (PCa) cells relative to the constituent components or separate complexes (e.g. Zn2+:3’FdU) indicating that this new structural motif may be therapeutically useful for PCa treatment.
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