A simple, fast, and accurate method of phylogenomic inference.
A simple, fast, and accurate method of phylogenomic inference.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-10-r151
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发表时间：
2008-10-13
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Eisen JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu M;Eisen JA
提出了一种用于蛋白质基因组分析的自动化流水线（AMPHORA），该流水线克服了大规模蛋白质系统发育推断的现有限制。基因组数据的爆炸性增长提供了一个机会，使更多地使用蛋白质标记的系统发育推断。我们已经开发了一个自动化的流水线的基因组分析（AMPHORA），克服了现有的瓶颈限制大规模的蛋白质系统发育推断。我们通过构建578种细菌的基因组树，并将其类型分配给从马尾藻海收集的宏基因组数据中鉴定的18，607个蛋白质标记，证明了其高通量能力和高质量结果。
An automated pipeline for phylogenomic analysis (AMPHORA) is presented that overcomes existing limits to large-scale protein phylogenetic inference. The explosive growth of genomic data provides an opportunity to make increased use of protein markers for phylogenetic inference. We have developed an automated pipeline for phylogenomic analysis (AMPHORA) that overcomes the existing bottlenecks limiting large-scale protein phylogenetic inference. We demonstrated its high throughput capabilities and high quality results by constructing a genome tree of 578 bacterial species and by assigning phylotypes to 18,607 protein markers identified in metagenomic data collected from the Sargasso Sea.
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影响因子：
10.7
作者：
Castresana, J
通讯作者：
Castresana, J
DOI：
10.1073/pnas.93.7.2873
发表时间：
1996-04-02
影响因子：
11.1
作者：
Moran, NA
通讯作者：
Moran, NA
影响因子：
3.3
作者：
Maughan, Heather
通讯作者：
Maughan, Heather
影响因子：
64.8
作者：
Morris, RM;Rappé, MS;Giovannoni, SJ
通讯作者：
Giovannoni, SJ
影响因子：
56.9
作者：
Béjà, O;Aravind, L;DeLong, EF
通讯作者：
DeLong, EF