UniPROBE: an online database of protein binding microarray data on protein-DNA interactions.
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DOI：
10.1093/nar/gkn660
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bulyk ML
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Newburger DE;Bulyk ML
UniPROBE（Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation）数据库包含通过通用蛋白质结合微阵列（PBM）技术生成的关于蛋白质体外DNA结合特异性的数据。UniPROBE数据库的首次发布提供了一个集中的资源，用于访问关于长度为k（“k-mer”）的所有可能序列变体（“单词”）的蛋白质偏好的全面PBM数据，以及位置权重矩阵（PWM）和k-mer数据的图形序列标志表示。总的来说，该数据库包含来自不同生物体的超过175种非冗余蛋白质的DNA结合数据，包括原核生物哈维氏弧菌，真核疟疾寄生虫恶性疟原虫，寄生性顶复门隐孢子虫，酵母酿酒酵母，蠕虫秀丽隐杆线虫，小鼠和人类。当前的网络工具包括基于文本的搜索、用于评估用户输入的数据和数据库PWM之间的基序相似性的功能、以及用于沿着沿着用户输入的核苷酸序列定位推定的结合位点的功能。UniPROBE数据库可在http://thebrain.bwh.harvard.edu/uniprobe/上获得。
The UniPROBE (Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation) database hosts data generated by universal protein binding microarray (PBM) technology on the in vitro DNA-binding specificities of proteins. This initial release of the UniPROBE database provides a centralized resource for accessing comprehensive PBM data on the preferences of proteins for all possible sequence variants (‘words’) of length k (‘k-mers’), as well as position weight matrix (PWM) and graphical sequence logo representations of the k-mer data. In total, the database hosts DNA-binding data for over 175 nonredundant proteins from a diverse collection of organisms, including the prokaryote Vibrio harveyi, the eukaryotic malarial parasite Plasmodium falciparum, the parasitic Apicomplexan Cryptosporidium parvum, the yeast Saccharomyces cerevisiae, the worm Caenorhabditis elegans, mouse and human. Current web tools include a text-based search, a function for assessing motif similarity between user-entered data and database PWMs, and a function for locating putative binding sites along user-entered nucleotide sequences. The UniPROBE database is available at http://thebrain.bwh.harvard.edu/uniprobe/.
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