The protein composition of mitotic chromosomes determined using multiclassifier combinatorial proteomics.
The protein composition of mitotic chromosomes determined using multiclassifier combinatorial proteomics.
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DOI：
10.1016/j.cell.2010.07.047
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发表时间：
2010-09-03
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Rappsilber J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ohta S;Bukowski-Wills JC;Sanchez-Pulido L;Alves Fde L;Wood L;Chen ZA;Platani M;Fischer L;Hudson DF;Ponting CP;Fukagawa T;Earnshaw WC;Rappsilber J
尽管有几十年的研究，有丝分裂染色体的结构和组成仍然很差的特点。在这里，我们将定量蛋白质组学与生物信息学分析相结合，生成了一系列独立的分类器，描述了在分离的有丝分裂染色体中鉴定的104，000种蛋白质。通过机器学习整合这些分类器，揭示了在完整染色体的背景下蛋白质复合物之间的功能关系，并揭示了在这里鉴定的1560种未表征的蛋白质中哪些值得进一步研究。事实上，在34个GFP标记的预测染色体蛋白中，30个是染色体蛋白，包括13个与着丝粒相关的蛋白。在16个GFP标记的预测的非染色体蛋白质中，14个被证实是非染色体的。对来自动粒蛋白Ska 3/Rama 1基因敲除的全染色体蛋白质组的无偏分析显示，APC/C和RanBP 2/RanGAP 1复合物依赖于Ska复合物与染色体稳定结合。我们的综合分析预测，多达97个新的着丝粒相关蛋白仍有待发现，在我们的数据集。定义复杂的不可纯化细胞器的蛋白质组成的方法结合遗传学和蛋白质组学来研究整个染色体中的复合物使用机器学习来揭示蛋白质之间的功能关系>4000有丝分裂染色体相关蛋白质的综合列表
Despite many decades of study, mitotic chromosome structure and composition remain poorly characterized. Here, we have integrated quantitative proteomics with bioinformatic analysis to generate a series of independent classifiers that describe the ∼4,000 proteins identified in isolated mitotic chromosomes. Integrating these classifiers by machine learning uncovers functional relationships between protein complexes in the context of intact chromosomes and reveals which of the ∼560 uncharacterized proteins identified here merits further study. Indeed, of 34 GFP-tagged predicted chromosomal proteins, 30 were chromosomal, including 13 with centromere-association. Of 16 GFP-tagged predicted nonchromosomal proteins, 14 were confirmed to be nonchromosomal. An unbiased analysis of the whole chromosome proteome from genetic knockouts of kinetochore protein Ska3/Rama1 revealed that the APC/C and RanBP2/RanGAP1 complexes depend on the Ska complex for stable association with chromosomes. Our integrated analysis predicts that up to 97 new centromere-associated proteins remain to be discovered in our data set. ► Method to define the protein composition of a complex nonpurifiable organelle ► Combines genetics and proteomics to study complexes in whole chromosomes ► Use of machine learning to uncover functional relationships between proteins ► Comprehensive list of >4000 mitotic chromosome-associated proteins
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影响因子：
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作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
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