R-Coffee: a web server for accurately aligning noncoding RNA sequences.
R-Coffee: a web server for accurately aligning noncoding RNA sequences.
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DOI：
10.1093/nar/gkn278
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发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Notredame, Cedric
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moretti, Sebastien;Wilm, Andreas;Higgins, Desmond G.;Xenarios, Ioannis;Notredame, Cedric
R-Coffee网络服务器可高度精确地对非编码RNA（ncRNA）序列进行多重比对，并将预测的二级结构考虑在内。R-Coffee使用了一种新的算法，该算法最近被纳入了T-Coffee软件包。R-Coffee的工作原理与T-Coffee沿着相同的路线：它使用成对或多序列比对（MSA）方法来计算输入比对的初级库。然后程序计算与文库中包含的比对和与序列相关的二级结构高度一致的MSA。使用RNAplfold预测二级结构。服务器提供两种模式。慢速/精确模式仅限于小数据集（少于5个序列，少于150个核苷酸），并将R-Coffee与Connan结合起来，这是一种非常精确的成对RNA比对方法。对于较大的数据集，可以使用快速方法（RM-咖啡模式），该方法使用R-咖啡来联合收割机组合三个软件包的输出，这三个软件包组合了对RNA表现最好的程序（MUSCLE，MAFFT和ProbConsRNA）的输出。我们的BRAliBase基准表明，R-Coffee/Consan组合是短序列的最佳ncRNA比对方法之一，而RM-Coffee在较长序列上给出了相当的结果。R-Coffee网络服务器可在http://www.tcoffee.org上找到。
The R-Coffee web server produces highly accurate multiple alignments of noncoding RNA (ncRNA) sequences, taking into account predicted secondary structures. R-Coffee uses a novel algorithm recently incorporated in the T-Coffee package. R-Coffee works along the same lines as T-Coffee: it uses pairwise or multiple sequence alignment (MSA) methods to compute a primary library of input alignments. The program then computes an MSA highly consistent with both the alignments contained in the library and the secondary structures associated with the sequences. The secondary structures are predicted using RNAplfold. The server provides two modes. The slow/accurate mode is restricted to small datasets (less than 5 sequences less than 150 nucleotides) and combines R-Coffee with Consan, a very accurate pairwise RNA alignment method. For larger datasets a fast method can be used (RM-Coffee mode), that uses R-Coffee to combine the output of the three packages which combines the outputs from programs found to perform best on RNA (MUSCLE, MAFFT and ProbConsRNA). Our BRAliBase benchmarks indicate that the R-Coffee/Consan combination is one of the best ncRNA alignment methods for short sequences, while the RM-Coffee gives comparable results on longer sequences. The R-Coffee web server is available at http://www.tcoffee.org.
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DOI：
10.1186/1748-7188-1-19
发表时间：
2006-10-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Wilm A;Mainz I;Steger G
通讯作者：
Steger G
影响因子：
4.3
作者：
Will S;Reiche K;Hofacker IL;Stadler PF;Backofen R
通讯作者：
Backofen R
影响因子：
4.1
作者：
Hudelot, C;Gowri-Shankar, V;Higgs, PG
通讯作者：
Higgs, PG
影响因子：
14.9
作者：
Wilm, Andreas;Higgins, Desmond G.;Notredame, Cedric
通讯作者：
Notredame, Cedric
影响因子：
4.3
作者：
Notredame C
通讯作者：
Notredame C