PLSDB: a resource of complete bacterial plasmids.
PLSDB: a resource of complete bacterial plasmids.
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DOI：
10.1093/nar/gky1050
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Keller A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galata V;Fehlmann T;Backes C;Keller A
细菌分离物或群落的研究需要对其中包含的质粒进行分析，以便提供生物体的广泛特征。携带耐药性和毒力因子的质粒对抗生素耐药性的传播起着重要作用。随着新测序的细菌基因组数量的增长，需要一个全面的资源，这将允许浏览和过滤可用的质粒，并进行序列分析。在这里，我们展示了PLSDB，一个包含从NCBI核苷酸数据库收集的13789条质粒记录的资源。web服务器提供了所有获得的质粒的交互式视图，并提供了额外的元信息，如序列特征、样本相关信息和分类。此外，可以上传核苷酸序列数据以搜索质粒中的短核苷酸序列（例如特定基因），将给定的质粒与收集的记录进行比较，或确定样品是否包含一个或多个已知的质粒（包含分析）。该资源可在https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/plsdb/下免费访问。
The study of bacterial isolates or communities requires the analysis of the therein included plasmids in order to provide an extensive characterization of the organisms. Plasmids harboring resistance and virulence factors are of especial interest as they contribute to the dissemination of antibiotic resistance. As the number of newly sequenced bacterial genomes is growing a comprehensive resource is required which will allow to browse and filter the available plasmids, and to perform sequence analyses. Here, we present PLSDB, a resource containing 13 789 plasmid records collected from the NCBI nucleotide database. The web server provides an interactive view of all obtained plasmids with additional meta information such as sequence characteristics, sample-related information and taxonomy. Moreover, nucleotide sequence data can be uploaded to search for short nucleotide sequences (e.g. specific genes) in the plasmids, to compare a given plasmid to the records in the collection or to determine whether a sample contains one or multiple of the known plasmids (containment analysis). The resource is freely accessible under https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/plsdb/.
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