CPLM 4.0: an updated database with rich annotations for protein lysine modifications.
CPLM 4.0: an updated database with rich annotations for protein lysine modifications.
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CPLM 4.0：一个更新的数据库，具有丰富的蛋白质赖氨酸修饰注释。
DOI：
10.1093/nar/gkab849
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Xue Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang W;Tan X;Lin S;Gou Y;Han C;Zhang C;Ning W;Wang C;Xue Y
在这里，我们报道了蛋白质赖氨酸修饰纲要(CPLM4.0，http://cplm.biocuckoo.cn/)，)，这是一个专门发生在蛋白质赖氨酸残基侧链氨基上的各种翻译后修饰(PTM)的数据源。从文献和公共数据库中，我们收集了450 378个蛋白质赖氨酸修饰(PLM)事件，并将它们与我们先前开发的蛋白质赖氨酸修饰数据库(PLMD 3.0)的现有数据相结合。总体而言，CPLM4.0包含592 606个实验确定的针对219个物种多达29种PLM的105673种蛋白质的463 156个唯一赖氨酸残基的修饰事件。此外，我们还利用来自102个额外资源的知识对数据进行了仔细的注释，这些资源涵盖13个方面，包括变异和突变、疾病相关信息、蛋白质相互作用、蛋白质功能注释、DNA和RNA元件、蛋白质结构、化学靶点关系、mRNA表达、蛋白质表达/蛋白质组学、亚细胞定位、生物途径注释、功能域注释和物理化学性质。与PLMD3.0和其他现有资源相比，CPLM4.0实现了PLM事件集合的2倍增长，数据量为∼45 GB。我们预计CPLM4.0可以作为一个更有用的数据库，用于进一步研究PLM。
Here, we reported the compendium of protein lysine modifications (CPLM 4.0, http://cplm.biocuckoo.cn/), a data resource for various post-translational modifications (PTMs) specifically occurred at the side-chain amino group of lysine residues in proteins. From the literature and public databases, we collected 450 378 protein lysine modification (PLM) events, and combined them with the existing data of our previously developed protein lysine modification database (PLMD 3.0). In total, CPLM 4.0 contained 592 606 experimentally identified modification events on 463 156 unique lysine residues of 105 673 proteins for up to 29 types of PLMs across 219 species. Furthermore, we carefully annotated the data using the knowledge from 102 additional resources that covered 13 aspects, including variation and mutation, disease-associated information, protein-protein interaction, protein functional annotation, DNA & RNA element, protein structure, chemical-target relation, mRNA expression, protein expression/proteomics, subcellular localization, biological pathway annotation, functional domain annotation, and physicochemical property. Compared to PLMD 3.0 and other existing resources, CPLM 4.0 achieved a >2-fold increase in collection of PLM events, with a data volume of ∼45GB. We anticipate that CPLM 4.0 can serve as a more useful database for further study of PLMs.
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影响因子：
16
作者：
Elia AE;Boardman AP;Wang DC;Huttlin EL;Everley RA;Dephoure N;Zhou C;Koren I;Gygi SP;Elledge SJ
通讯作者：
Elledge SJ
影响因子：
21.3
作者：
Karoutas, Adam;Szymanski, Witold;Akhtar, Asifa
通讯作者：
Akhtar, Asifa
DOI：
10.1038/s41573-020-00108-x
发表时间：
2021-04
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
Bhat KP;Ümit Kaniskan H;Jin J;Gozani O
通讯作者：
Gozani O
影响因子：
14.9
作者：
Huang KY;Su MG;Kao HJ;Hsieh YC;Jhong JH;Cheng KH;Huang HD;Lee TY
通讯作者：
Lee TY
DOI：
10.1073/pnas.51.5.786
发表时间：
1964-01-01
影响因子：
11.1
作者：
ALLFREY, VG;FAULKNER, R;MIRSKY, AE
通讯作者：
MIRSKY, AE