Identification of Extrachromosomal Circular Forms of Active Transposable Elements Using Mobilome-Seq
Identification of Extrachromosomal Circular Forms of Active Transposable Elements Using Mobilome-Seq
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DOI：
10.1007/978-1-0716-1134-0_7
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发表时间：
2021-01-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Mirouze, Marie
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Lanciano, Sophie;Zhang, Panpan;Mirouze, Marie
主动转座元件（TE）产生插入多态性，可以通过基因组重测序策略检测到。然而，这些技术对于具有大基因组的生物体或体细胞插入可能有局限性。在这里，我们提出了一种利用主动转座 TE 的染色体外环状 DNA (eccDNA) 形式来检测和表征任何植物或动物组织中的活性 TE 的方法。 Mobilome-seq 旨在选择性扩增 eccDNA 并对其进行测序。它依赖于基因组 DNA 的线性消化，然后对环状 DNA 进行滚环扩增。活性 DNA 转座子和逆转录转座子都可以使用该技术进行鉴定。
Active transposable elements (TEs) generate insertion polymorphisms that can be detected through genome resequencing strategies. However, these techniques may have limitations for organisms with large genomes or for somatic insertions. Here, we present a method that takes advantage of the extrachromosomal circular DNA (eccDNA) forms of actively transposing TEs in order to detect and characterize active TEs in any plant or animal tissue. Mobilome-seq consists in selectively amplifying and sequencing eccDNAs. It relies on linear digestion of genomic DNA followed by rolling circle amplification of circular DNA. Both active DNA transposons and retrotransposons can be identified using this technique.