Symbolwise MAP for Multiple Deletion Channels
Symbolwise MAP for Multiple Deletion Channels
复制标题
用于多个删除通道的符号映射
DOI：
10.1109/isit.2019.8849567
复制
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
C. Fragouli
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sundara Rajan Srinivasavaradhan;M. Du;S. Diggavi;C. Fragouli
我们考虑的问题重建一个序列从固定数量的删除版本本身（也称为痕迹）。这个问题的动机来自于从头DNA测序技术的最新发展。这项工作的主要贡献是提供了一个多项式时间算法的符号MAP解码与多道。该算法利用编辑图上的动态程序。我们还开发了一个启发式的时间复杂度降低使用类似的想法，并提供初步的数值评估。
We consider the problem of reconstructing a sequence from fixed number of deleted versions of itself (also called traces). The problem is motivated from recent developments in de novo DNA sequencing technologies. The main contribution of this work is to provide a polynomial time algorithm for symbolwise MAP decoding with multiple traces. The algorithm leverages a dynamic program on the edit graph. We also develop a heuristic with reduced time complexity using similar ideas and provide preliminary numerical evaluations.
DOI：
10.1109/isit.2018.8437519
发表时间：
2018-06
期刊：
2018 IEEE International Symposium on Information Theory (ISIT)
影响因子：
--
作者：
Sundara Rajan Srinivasavaradhan;M. Du;S. Diggavi;C. Fragouli
通讯作者：
Sundara Rajan Srinivasavaradhan;M. Du;S. Diggavi;C. Fragouli