Analysis of complete mitochondrial genome and its application to phylogeny of Caryomys inez (Rodentia: Cricetidae: Arvicolinae).
Analysis of complete mitochondrial genome and its application to phylogeny of Caryomys inez (Rodentia: Cricetidae: Arvicolinae).
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DOI：
10.1080/23802359.2016.1172275
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发表时间：
2016-04-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Li Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu P;Kong L;Li Y;Cong H;Li Y
本研究首次对伊内兹红背田鼠（Caryomys伊内兹）的线粒体基因组进行了全序列测定和分析。线粒体基因组的完整序列。伊内兹基因全长16，354 bp，具有典型的脊椎动物模式，包括13个PCG、22个tRNA、2个rRNA和2个非编码区。为了明确C.伊内兹（Inez）的分析结果表明，除ND6基因位于L链外，其余12个PCG基因均位于H链，构建了ML系统树。因此，C.伊内兹与绒鼠属和鼠属聚为一簇，显示了它们之间的亲缘关系。本研究为核鼠属的分类学研究和系统发育分析提供了依据。
In this study, the complete mitochondrial genome of Inez’s red-backed vole Caryomys inez was sequenced and analyzed as the first species in genus Caryomys. The complete mitochondrial genome of C. inez is 16,354 bp in length and shows a typical vertebrate pattern with 13 PCGs, 22 tRNAs, 2 rRNAs and 2 non-coding regions. To gain a clear phylogenetic position of C. inez, a ML phylogenetic tree was constructed based on 12 PCGs on H-strand from 23 rodent species except for ND6 gene which is on L-strand. As a result, C. inez is clustered with genera Eothenomys and Myodes, showing their close phylogenetic relationships. The present study may facilitate further investigation of the taxonomic studies and phylogenetic analyses of the genus Caryomys.
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