RNAiFold: a web server for RNA inverse folding and molecular design.
RNAiFold: a web server for RNA inverse folding and molecular design.
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DOI：
10.1093/nar/gkt280
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dotu I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garcia-Martin JA;Clote P;Dotu I
合成生物学和纳米技术将为21世纪做出革命性的贡献。在这篇文章中，我们描述了一种新的网络服务器，以支持电子RNA分子设计。给定输入的目标RNA二级结构，以及可选的约束，例如要求GC含量在一定范围内，要求强(GC)、弱(AU)和摆动(GU)碱基对的数量在一定范围内，RNAiFold网络服务器确定其最小自由能二级结构是目标结构的一个或多个RNA序列。RNAiFold提供对两个服务器的访问：应用约束编程的RNA-CPDesign和应用大邻域搜索启发式的RNA-LNSDesign；因此，它适用于较大的输入结构。这两个服务器还可以解决RNA反向杂交问题，即给定所需杂交结构的表示，RNAiFold返回两个序列，其最小自由能杂交是输入目标结构。该网络服务器可在http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/RNAiFold，上公开访问，该服务器提供对两个专门服务器的访问：RNACPDesign和RNALNSDesign。底层算法的源代码可以在服务器网站上下载，这些源代码在Comet中实现，并在Linux上得到支持。
Synthetic biology and nanotechnology are poised to make revolutionary contributions to the 21st century. In this article, we describe a new web server to support in silico RNA molecular design. Given an input target RNA secondary structure, together with optional constraints, such as requiring GC-content to lie within a certain range, requiring the number of strong (GC), weak (AU) and wobble (GU) base pairs to lie in a certain range, the RNAiFold web server determines one or more RNA sequences, whose minimum free-energy secondary structure is the target structure. RNAiFold provides access to two servers: RNA-CPdesign, which applies constraint programming, and RNA-LNSdesign, which applies the large neighborhood search heuristic; hence, it is suitable for larger input structures. Both servers can also solve the RNA inverse hybridization problem, i.e. given a representation of the desired hybridization structure, RNAiFold returns two sequences, whose minimum free-energy hybridization is the input target structure. The web server is publicly accessible at http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/RNAiFold, which provides access to two specialized servers: RNA-CPdesign and RNA-LNSdesign. Source code for the underlying algorithms, implemented in COMET and supported on linux, can be downloaded at the server website.
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DOI：
10.1186/1748-7188-5-27
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--
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