Automated assignment in selectively methyl-labeled proteins.
Automated assignment in selectively methyl-labeled proteins.
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DOI：
10.1021/ja9020233
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发表时间：
2009-07-15
影响因子：
15
通讯作者：
Matthews S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu Y;Liu M;Simpson PJ;Isaacson R;Cota E;Marchant J;Yang D;Zhang X;Freemont P;Matthews S
特定的甲基标记方案和横向弛豫优化光谱（TROSY）已经扩展了分子尺寸范围，适用于核磁共振波谱到非常大的蛋白质（高达1 MDa）。现有的大型体系中甲基共振分配策略是基于记录在较小片段和突变体上的核磁共振光谱。这是非常耗时的，并且由于突变或截断引起的化学位移变化通常会使解释复杂化。我们开发了一种新的自动化程序，能够快速分配非常大的蛋白质中的大多数甲基，而无需求助于诱变或截断片段（http://nmr.bc.ic.ac.uk/map-xs/）。我们证明了这种方法在300 kDa， ilv标记的蛋白酶体（α7α7）上的有效性，该蛋白酶体之前已经记录了良好的光谱。在观察到的甲基中，99%可以在没有人工干预的情况下在几分钟内正确分配。
Specific methyl labeling schemes and transverse relaxation optimized spectroscopy (TROSY) has extended the molecular size range for the application of NMR spectroscopy to very large proteins (up to ∼1 MDa). Existing strategies for resonance assignment of methyl groups in large systems are based on NMR spectra recorded on smaller fragments and mutants. This is very time-consuming, and chemical shift changes due to mutation or truncation can often complicate interpretation. We have developed a new automated procedure able to rapidly assign the majority of methyl groups in very large proteins, without recourse to mutagenesis or truncated fragments (http://nmr.bc.ic.ac.uk/map-xs/). We demonstrate the effectiveness of this approach on the 300 kDa, ILV-labeled proteasome (α7α7) for which excellent spectra have been previously recorded. Of the observed methyl groups, 99% can be correctly assigned in a matter of minutes without manual intervention.
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DOI：
10.1073/pnas.0407792102
发表时间：
2005-01-18
影响因子：
11.1
作者：
Tugarinov, V;Choy, WY;Kay, LE
通讯作者：
Kay, LE
影响因子：
15
作者：
Salzmann, M;Pervushin, K;Wüthrich, K
通讯作者：
Wüthrich, K
影响因子：
2.7
作者：
Ayala, Isabel;Sounier, Remy;Boisbouvier, Jerome
通讯作者：
Boisbouvier, Jerome
影响因子：
56.9
作者：
Tjandra, N;Bax, A
通讯作者：
Bax, A
DOI：
10.1073/pnas.0507370102
发表时间：
2005-11-15
影响因子：
11.1
作者：
Sprangers, R;Gribun, A;Kay, LE
通讯作者：
Kay, LE