Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line.
Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line.
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DOI：
10.1038/msb.2011.81
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发表时间：
2011-11-08
影响因子：
9.9
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中科院分区：
文献类型：
--
作者：
虽然在单一人类细胞类型中表达的蛋白质的数量和身份目前尚不清楚，但这一基本问题可以通过基于先进质谱（MS）的蛋白质组学来解决。在线液相色谱结合高分辨质谱和MS/MS从HeLa细胞中获得了166 420个具有独特氨基酸序列的肽。这些肽鉴定了由9207个人类基因编码的10255种不同的人类蛋白质，提供了该癌细胞系中蛋白质组的下限。深度转录组测序揭示了几乎所有检测到的蛋白质的转录本。我们计算了表达蛋白的拷贝数，并显示>90%的丰度在中值蛋白表达水平的60倍以内。蛋白质组和转录组的比较，以及蛋白质复合物数据库和GO类别的分析，表明我们实现了功能转录组和单细胞类型的蛋白质组的深度覆盖。
While the number and identity of proteins expressed in a single human cell type is currently unknown, this fundamental question can be addressed by advanced mass spectrometry (MS)-based proteomics. Online liquid chromatography coupled to high-resolution MS and MS/MS yielded 166 420 peptides with unique amino-acid sequence from HeLa cells. These peptides identified 10 255 different human proteins encoded by 9207 human genes, providing a lower limit on the proteome in this cancer cell line. Deep transcriptome sequencing revealed transcripts for nearly all detected proteins. We calculate copy numbers for the expressed proteins and show that the abundances of >90% of them are within a factor 60 of the median protein expression level. Comparisons of the proteome and the transcriptome, and analysis of protein complex databases and GO categories, suggest that we achieved deep coverage of the functional transcriptome and the proteome of a single cell type.
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作者：
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Aebersold R
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作者：
Kircher M;Stenzel U;Kelso J
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Kelso J
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Hubbard, T;Barker, D;Clamp, M
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