The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants.
The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants.
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DOI：
10.1093/nar/gkp1137
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发表时间：
2010-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rice PM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cock PJ;Fields CJ;Goto N;Heuer ML;Rice PM
FASTQ已经成为用于共享测序读段数据的通用文件格式，其组合了序列和相关的每碱基质量评分，尽管迄今为止缺乏任何正式定义，并且存在于至少三种不兼容的变体中。本文定义了FASTQ格式，涵盖了原始的桑格标准，Solexa/Illumina变体以及它们之间的转换，基于公开可用的信息，例如MAQ文档和开放生物信息学基金会项目Biopython，BioPerl，BioRuby，BioJava和BLOSS最近达成的约定。作为一个开放获取的出版物，希望这个描述，与作为补充数据提供的示例文件，将在未来作为这个重要的文件格式的参考。
FASTQ has emerged as a common file format for sharing sequencing read data combining both the sequence and an associated per base quality score, despite lacking any formal definition to date, and existing in at least three incompatible variants. This article defines the FASTQ format, covering the original Sanger standard, the Solexa/Illumina variants and conversion between them, based on publicly available information such as the MAQ documentation and conventions recently agreed by the Open Bioinformatics Foundation projects Biopython, BioPerl, BioRuby, BioJava and EMBOSS. Being an open access publication, it is hoped that this description, with the example files provided as Supplementary Data, will serve in future as a reference for this important file format.
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影响因子：
5.8
作者：
Holland, R. C. G.;Down, T. A.;Pocock, M.;Prlic, A.;Huen, D.;James, K.;Foisy, S.;Draeger, A.;Yates, A.;Heuer, M.;Schreiber, M. J.
通讯作者：
Schreiber, M. J.
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
7
作者：
Huang, Xuehui;Feng, Qi;Han, Bin
通讯作者：
Han, Bin
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ