Reply to Mafessoni and Prüfer: Inferences with and without singleton site patterns
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回复 Mafessoni 和 Prufer：有和没有单例站点模式的推论
DOI：
10.1073/pnas.1717085114
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Huff, Chad D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rogers, Alan R.;Bohlender, Ryan J.;Huff, Chad D.
Mafessoni 和 Prüfer (1)(MP) 提出了三点：(i) 尼安德特人基因组之间的低变异意味着人口规模较小，(ii) 尼安德特人与丹尼索瓦人的差异相对于古代-现代人较小，(iii) 包括单位点模式（其中派生等位基因仅出现一次）的分析支持尼安德特人人口规模较小以及较新的尼安德特人与丹尼索瓦人的分离。 i 点假设已测序尼安德特人是所有尼安德特人的代表，但样本主要来自 DNA 保存完好的北部。如果一些未抽样人群与抽样人群关系较远，那么全球人口可能会更大。第 ii 点是第 iii 点的附属部分，因为可以根据站点模式频率计算差异。因此我们重点关注第三点。
Mafessoni and Prüfer (1)(MP) make three points:(i) Low variation among Neanderthal genomes implies a small population,(ii) Neanderthal–Denisovan divergence is small relative to archaic-modern, and (iii) an analysis including singleton site patterns (in which the derived allele appears only once) supports a small Neanderthal population and a more recent Neanderthal–Denisovan separation.Point i assumes that sequenced Neanderthals are representative of all Neanderthals, yet samples come primarily from the north, where DNA preserves well. The global population may have been larger if some unsampled populations were distantly related to those sampled. Point ii is subsidiary to point iii, because divergences can be calculated from site pattern frequencies. We therefore focus on point iii.
来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1706426114
发表时间：
2017-09-12
影响因子：
11.1
作者：
Rogers, Alan R.;Bohlender, Ryan J.;Huff, Chad D.
通讯作者：
Huff, Chad D.