Generation of Expressed Sequence Tags and development of microsatellite markers for Castanopsis sieboldii var. sieboldii (Fagaceae)
Generation of Expressed Sequence Tags and development of microsatellite markers for Castanopsis sieboldii var. sieboldii (Fagaceae)
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DOI：
10.1051/forest/2009037
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发表时间：
2009-07
影响因子：
3
通讯作者：
S. Ueno;K. Aoki;Y. Tsumura
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
S. Ueno;K. Aoki;Y. Tsumura
摘要：苏木(Castanopsis sieboldii var.)西博尔迪是一种常绿阔叶树，生长在日本本州、四国岛和九州群岛。一种亲缘关系密切、杂交的同源种--尖吻锦鸡儿。具有不同的叶表皮结构和不同的种子坚果形态。西博尔迪。此外，这两个物种生长的生境往往表明不同的水分需求。·利用转录序列对遗传多样性进行分析，将为该物种的管理提供良好的基础，从而能够成功地重新造林，纳入系统地理保护。为了获得该物种的转录本序列，开发基于转录本的标记，我们构建并分析了一个cDNA文库，对文库中的微卫星序列进行了测定，并设计了微卫星的聚合酶链式反应(PCR)引物。共鉴定出3354个表达序列标签(EST)。我们构建了2417个推定的单元，并为其中的1856个分配了推定的功能。在可能的单基因内发现了314个微卫星，开发了16个EST-SSR标记。本研究建立的EST-SSR标记可用于该种及其近缘种的遗传多样性分析。日本本州、四国岛和九州的四国和九州。尖顶锦鸡儿C.cupidata var.一种新的结构，一种新的形态结构。西博尔迪。·L‘分析多样性，有用的是S的跨文化遗产，四种基本的固体物质和物质，S和重建，以及国际上的保护自然地理。S的转录，L的转录，nous avons的转录，nous avons的转录和分析，S的微卫星和微卫星。·La banque d‘adnc和de mettre au point de marqueur？de L’écorce intere de C.sieboldivar.在中国，3354名S侯爵对S的身份进行了调查，他们对1856起案件进行了解释。三个国家的微卫星对S的影响L的综合微卫星和16个简单序列重复序列对S的发展进行了分析。S对未来的发展进行了分析。
Abstract• Castanopsis sieboldii var. sieboldii is an evergreen broadleaved canopy tree that grows on Honshu, Shikoku and Kyushu Islands in Japan. A closely-related, hybridizing, congener species, C. cuspidata var. cuspidata, has different leaf epidermis structure and different seed nuts morphology compared to C. sieboldii var. sieboldii. Furthermore, the habitats in which the two species grow often indicate different water requirements.• Analysis of genetic diversity, using transcribed sequences, will provide a sound basis for the management of this species, allowing successful reforestation, incorporating phylogeographic conservation. In order to obtain transcripts sequences for the species and to develop transcript-based markers, we constructed and analyzed a cDNA library, surveyed microsatellite sequences within it and designed PCR primers for the microsatellites.• The cDNA library was constructed using tissue from the inner bark of C. sieboldii var. sieboldii; 3 354 Expressed Sequence Tags (ESTs) were identified. We constructed 2 417 putative unigenes and assigned putative functions to 1 856 of them. Three hundred and fourteen microsatellites were found within the putative unigenes and 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) markers were developed. The EST-SSR markers developpe in this study should facilitate future analysis of the genetic diversity of this and related species.Résumé• Castanopsis sieboldii var. sieboldii est un feuillu sempervirent qui pousse sur les îles japonaises de Honshu, Shikoku et Kyushu. C. cuspidata var. cuspidata une espèce congénère, étroitement liée, hybridée, a une structure de l’épiderme des feuilles différente et une morphologie différente des noix semences par rapport à C. sieboldii var. sieboldii. En outre, les habitats dans lesquels les deux espèces poussent indiquent souvent des besoins en eau différents.• L’analyse de la diversité génétique, en utilisant des séquences transcrites, fournira une base solide pour la gestion de cette espèce, ce qui permettra le succès des reboisements, en intégrant une conservation phylogéographique. Afin d’obtenir les transcriptions des séquences de l’espèce et de mettre au point des marqueurs à base de transcription, nous avons construit et analysé une banque d’ADNc, étudié des séquences microsatellites et conçu des amorces PCR pour les microsatellites.• La banque d’ADNc a été construite en utilisant les tissus de l’écorce interne de C. sieboldii var. sieboldii, 3 354 marqueurs de séquences exprimées (EST) ont été identifiés. Nous avons construit 2 417 unigènes putatifs et assigné des fonctions putatives à 1 856 d’entre eux. Trois cents quatorze microsatellites ont été trouvés à l’intérieur des unigènes putatifs et 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) marqueurs ont été développés. Les marqueurs EST-SSR développés dans cette étude devraient faciliter l’analyse future de la diversité génétique de cette espèce et des espèces apparentées.