Detecting selection for negative design in proteins through an improved model of the misfolded state
Detecting selection for negative design in proteins through an improved model of the misfolded state
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通过错误折叠状态的改进模型检测蛋白质负设计的选择
DOI：
10.1002/prot.24244
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
U. Bastolla
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Minning;M. Porto;U. Bastolla
需要在天然状态下构建的蛋白质必须对未折叠的系综和自由能低的错误折叠(错误折叠)构象都是稳定的。正向设计通过加强原生交互作用来瞄准第一种类型的稳定性。第二种类型的稳定是通过破坏在错误折叠的整体中频繁发生的相互作用来实现的，这一策略被称为负面设计。在这里，我们研究了采用错折系综统计力学模型的负设计，该模型通过考虑能量分布的三阶矩和接触关联来改进通常的高斯近似。应用这个模型，我们检测和量化了大多数天然蛋白质中负设计的选择，并分析设计了既抗去折叠又抗误折叠的蛋白质序列。蛋白质2013；81：1102-1112。©2013 Wiley期刊，Inc.
Proteins that need to be structured in their native state must be stable both against the unfolded ensemble and against incorrectly folded (misfolded) conformations with low free energy. Positive design targets the first type of stability by strengthening native interactions. The second type of stability is achieved by destabilizing interactions that occur frequently in the misfolded ensemble, a strategy called negative design. Here, we investigate negative design adopting a statistical mechanical model of the misfolded ensemble, which improves the usual Gaussian approximation by taking into account the third moment of the energy distribution and contact correlations. Applying this model, we detect and quantify selection for negative design in most natural proteins, and we analytically design protein sequences that are stable both against unfolding and against misfolding. Proteins 2013; 81:1102–1112. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.
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影响因子：
2.9
作者：
Bastolla, Ugo;Bruscolini, Pierpaolo;Luis Velasco, Jose
通讯作者：
Luis Velasco, Jose
影响因子：
3.5
作者：
Berezovsky, IN;Grosberg, AY;Trifonov, EN
通讯作者：
Trifonov, EN
DOI：
10.1016/s1359-0278(96)00054-5
发表时间：
1996-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Morrissey, MP;Shakhnovich, EI
通讯作者：
Shakhnovich, EI
有效的连接概况：证明蛋白质结构和序列之间关系的结构表示
DOI：
10.1002/prot.22113
发表时间：
2008
期刊：
Proteins: Structure
影响因子：
--
作者：
U. Bastolla;A. Ortiz;M. Porto;Florian Teichert
通讯作者：
Florian Teichert
DOI：
10.1002/prot.1075
发表时间：
2001-08-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Bastolla, U;Farwer, J;Vendruscolo, M
通讯作者：
Vendruscolo, M