GlycoPep grader: a web-based utility for assigning the composition of N-linked glycopeptides.
GlycoPep grader: a web-based utility for assigning the composition of N-linked glycopeptides.
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DOI：
10.1021/ac300393t
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发表时间：
2012-06-05
影响因子：
7.4
通讯作者：
Desaire, Heather
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Woodin, Carrie L.;Hua, David;Maxon, Morgan;Rebecchi, Kathryn R.;Go, Eden P.;Desaire, Heather
GlycoPep Grader (GPG) 是一款免费软件工具，旨在加速根据串联质谱数据准确确定糖肽组成的过程。 GPG 依赖于对高甘露糖、杂合和复杂 N 连接糖蛋白类型的独特解离模式的识别，包括含有岩藻糖或唾液酸残基的结构特有的模式。新颖的 GPG 评分算法通过评估 Y1 离子和其他含肽产物离子（适用时跨多个电荷状态），根据 MS/MS 数据对相同标称质量的潜在候选组合物进行评分。除了评估给定糖肽的肽部分之外，GPG 算法还可以预测和评分由末端聚糖的独特中性损失导致的产物离子。 GPG 已应用于多种糖蛋白，包括 RNase B、脱唾液酸胎球蛋白和转铁蛋白，以及 HIV 包膜糖蛋白 CON-S gp140 CFI。 GPG 软件主要在 PostgreSQL 中实现，以 PHP 作为表示层，并且可以在线公开访问。到目前为止，该算法已在所有执行的测试中从多个候选 N-糖肽中识别出正确的成分分配。
GlycoPep Grader (GPG) is a freely-available software tool designed to accelerate the process of accurately determining glycopeptide composition from tandem mass spectrometric data. GPG relies on the identification of unique dissociation patterns shown for high mannose, hybrid, and complex N-linked glycoprotein types, including patterns specific to those structures containing fucose or sialic acid residues. The novel GPG scoring algorithm scores potential candidate compositions of the same nominal mass against MS/MS data through evaluation of the Y1 ion and other peptide-containing product ions, across multiple charge states, when applicable. In addition to evaluating the peptide portions of a given glycopeptide, the GPG algorithm predicts and scores product ions that result from unique neutral losses of terminal glycans. GPG has been applied to a variety of glycoproteins, including RNase B, asialofetuin and transferrin, and the HIV envelope glycoprotein, CON-S gp140 CFI. The GPG software is implemented predominantly in PostgreSQL, with PHP as the presentation tier, and is publically accessible online. Thus far, the algorithm has identified the correct compositional assignment from multiple candidate N-glycopeptides in all tests performed.
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