PILER-CR: fast and accurate identification of CRISPR repeats.
PILER-CR: fast and accurate identification of CRISPR repeats.
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DOI：
10.1186/1471-2105-8-18
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发表时间：
2007-01-20
影响因子：
3
通讯作者：
Edgar RC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Edgar RC
原核生物基因组测序最近揭示了CRISPR元件的存在：由相似长度的独特序列分隔的短而高度保守的重复序列。使用通用的重复序列或模式查找软件工具可以发现CRISPR重复序列的独特序列特征。然而，这些工具的输出对于研究这些重复并不总是理想的，并且有时需要大量的工作来构建额外的工具并对输出执行手动分析。我们提出了PILER-CR，一个专门设计用于识别和分析CRISPR重复序列的程序。该程序执行速度很快，在当前的台式计算机上完成5mb的基因组仅需5秒左右。我们通过人工筛选和已发表的重复序列调查来验证该算法，发现PILER-CR具有高灵敏度和高特异性。我们还提出了在346个原核生物基因组的综合分析中鉴定的假定的CRISPR重复序列目录。PILER-CR是快速鉴定和分类CRISPR重复序列的有用工具。该软件被捐赠给公共领域。源代码和Linux二进制文件可以在。
Sequencing of prokaryotic genomes has recently revealed the presence of CRISPR elements: short, highly conserved repeats separated by unique sequences of similar length. The distinctive sequence signature of CRISPR repeats can be found using general-purpose repeat- or pattern-finding software tools. However, the output of such tools is not always ideal for studying these repeats, and significant effort is sometimes needed to build additional tools and perform manual analysis of the output. We present PILER-CR, a program specifically designed for the identification and analysis of CRISPR repeats. The program executes rapidly, completing a 5 Mb genome in around 5 seconds on a current desktop computer. We validate the algorithm by manual curation and by comparison with published surveys of these repeats, finding that PILER-CR has both high sensitivity and high specificity. We also present a catalogue of putative CRISPR repeats identified in a comprehensive analysis of 346 prokaryotic genomes. PILER-CR is a useful tool for rapid identification and classification of CRISPR repeats. The software is donated to the public domain. Source code and a Linux binary are freely available at .
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影响因子：
2.8
作者：
Pourcel, C;Salvignol, G;Vergnaud, G
通讯作者：
Vergnaud, G
影响因子：
5.8
作者：
Edgar, RC;Myers, EW
通讯作者：
Myers, EW
影响因子：
5.5
作者：
Makarova, Kira S.;Grishin, Nick V.;Koonin, Eugene V.
通讯作者：
Koonin, Eugene V.
DOI：
10.1089/15362310252780816
发表时间：
2002-01-01
期刊：
OMICS A Journal of Integrative Biology
影响因子：
--
作者：
Jansen, Rund;van Embden, Jam D. A.;Schouls, Leo M.
通讯作者：
Schouls, Leo M.
影响因子：
4.3
作者：
Haft DH;Selengut J;Mongodin EF;Nelson KE
通讯作者：
Nelson KE