basicsynbio and the BASIC SEVA collection: software and vectors for an established DNA assembly method.
basicsynbio and the BASIC SEVA collection: software and vectors for an established DNA assembly method.
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DOI：
10.1093/synbio/ysac023
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发表时间：
2022
影响因子：
3.2
通讯作者：
Storch, Marko
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Haines, Matthew C.;Carling, Benedict;Marshall, James;Shenshin, Vasily A.;Baldwin, Geoff S.;Freemont, Paul;Storch, Marko
利用模块化组件的标准化脱氧核糖核酸(DNA)组装方法提供了一个强大的框架，以探索设计并在设计-建造-测试-学习循环中迭代。Biopart等价性克隆组装标准(BASIC)DNA组装使用模块化部件和链接器，高度精确，易于自动化，免费供学术和商业使用，并通过幂等格式实现分层组装。这些特性使其能够应用于途径工程、核糖体结合位点(RBS)调节、融合蛋白工程和多路引导核糖核酸(RNA)表达。在这项工作中，我们介绍了BasicSynbio，这是一个包含Web App(https://basicsynbio.web.app/)和PythonPackage(https://github.com/LondonBiofoundry/basicsynbio)，)的开源软件，可以通过简单的拖放操作或编程实现基本的结构设计。有了BasicSynBio，用户可以访问常用的基本部件和链接器，同时设计新的部件和组件，并对常见错误进行异常处理。用户可以导出序列数据，并为手动或声学液体处理平台创建说明。指令生成依赖于BasicBuild开放标准，该标准被解析为定制的工作流，并可在用于传输和存储的JavaScript对象表示法中序列化。我们演示了基本的合成生物，使用包括来自标准欧洲矢量体系结构(SEVA)的模块的序列组装了30个载体。基本的Seva矢量集合与使用BSAI的BASIC和Golden Gate兼容。载体包含六个抗生素耐药标记之一和来自不同亲和组的五个复制来源。根据OpenMTA协议，这些藏品可以通过Addgene获得。此外，载体序列可从基本合成应用程序编程接口中与其他部件和链接器集合一起使用，为生物工程应用程序设计组件提供了强大的环境。图形摘要
Standardized deoxyribonucleic acid (DNA) assembly methods utilizing modular components provide a powerful framework to explore designs and iterate through Design–Build–Test–Learn cycles. Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning (BASIC) DNA assembly uses modular parts and linkers, is highly accurate, easy to automate, free for academic and commercial use and enables hierarchical assemblies through an idempotent format. These features enable applications including pathway engineering, ribosome binding site (RBS) tuning, fusion protein engineering and multiplexed guide ribonucleic acid (RNA) expression. In this work, we present basicsynbio, open-source software encompassing a Web App (https://basicsynbio.web.app/) and Python Package (https://github.com/LondonBiofoundry/basicsynbio), enabling BASIC construct design via simple drag-and-drop operations or programmatically. With basicsynbio, users can access commonly used BASIC parts and linkers while designing new parts and assemblies with exception handling for common errors. Users can export sequence data and create instructions for manual or acoustic liquid-handling platforms. Instruction generation relies on the BasicBuild Open Standard, which is parsed for bespoke workflows and is serializable in JavaScript Object Notation for transfer and storage. We demonstrate basicsynbio, assembling 30 vectors using sequences including modules from the Standard European Vector Architecture (SEVA). The BASIC SEVA vector collection is compatible with BASIC and Golden Gate using BsaI. Vectors contain one of six antibiotic resistance markers and five origins of replication from different compatibility groups. The collection is available via Addgene under an OpenMTA agreement. Furthermore, vector sequences are available from within the basicsynbio application programming interface with other collections of parts and linkers, providing a powerful environment for designing assemblies for bioengineering applications. Graphical Abstract
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影响因子：
5.7
作者：
Casas A;Bultelle M;Motraghi C;Kitney R
通讯作者：
Kitney R
影响因子：
4.7
作者：
Casas A;Bultelle M;Motraghi C;Kitney R
通讯作者：
Kitney R
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
8.4
作者：
Young，Rosanna;Haines，Matthew;Freemont，Paul S.
通讯作者：
Freemont，Paul S.
DOI：
10.1073/pnas.120163297
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Datsenko, KA;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL