tRNAscan-SE: Searching for tRNA Genes in Genomic Sequences
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DOI：
10.1007/978-1-4939-9173-0_1
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发表时间：
2019-01-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Lowe, Todd M.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Chan, Patricia P.;Lowe, Todd M.
转移RNA是最大、最复杂的非编码RNA家族，普遍存在于所有生物体内。TRNAscan-SE已经成为预测整个基因组中tRNA基因的事实上的工具。新开发的2.0版结合了先进的方法和改进的概率搜索软件和一套新的基因模型，使预测基因能够更好地进行功能分类。本章介绍了UNIX命令驱动和在线Web版本的使用，说明了不同的搜索模式和选项。
Transfer RNAs are the largest, most complex non-coding RNA family, universal to all living organisms. tRNAscan-SE has been the de facto tool for predicting tRNA genes in whole genomes. The newly developed version 2.0 has incorporated advanced methodologies with improved probabilistic search software and a suite of new gene models, enabling better functional classification of predicted genes. This chapter describes the use of the UNIX command-driven and online web versions, illustrating different search modes and options.