Detection of novel recombinases in bacteriophage genomes unveils Rad52, Rad51 and Gp2.5 remote homologs.
Detection of novel recombinases in bacteriophage genomes unveils Rad52, Rad51 and Gp2.5 remote homologs.
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DOI：
10.1093/nar/gkq096
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Guerois R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lopes A;Amarir-Bouhram J;Faure G;Petit MA;Guerois R
同源重组是噬菌体基因组修复、环化和复制的关键。到目前为止，在噬菌体基因组中已报道了至少6种重组酶基因，其中2种(UvsX和Gp2.5)来自强毒噬菌体，4种(Sak，Redβ，Erf和Sak4)来自温带噬菌体。利用图谱比较、基于结构的建模和基因背景分析，我们对465个噬菌体中重组酶的全球格局提供了新的观点。我们发现SAK、REDβ和ERF属于一个共同的大家族，它们采用了一个类似RAD52的折叠链。Sak4的远程同源基因被预测采用RAD51/RecA折叠的捷径，并在噬菌体基因组中被广泛发现。出乎意料的是，在温带噬菌体中，基因上下文分析还精确地指出了远距离Gp2.5同源物的存在，据信仅限于毒性噬菌体。总之，出现了三个主要的噬菌体重组酶超家族，它们要么与Rad52样蛋白有关，要么与RAD51样蛋白相关，要么与Gp2.5样蛋白相关。对于新检测到的两个属于Sak4和Gp2.5家族的重组酶，我们提供了它们在体内重组活性的实验证据。根据这些新的重组酶，讨论了温和型和致病型的生活方式以及基因组嵌合体的重要性。在基因组中筛选这些重组酶可以在http://biodev.extra.cea.fr/virfam.上进行
Homologous recombination is a key in contributing to bacteriophages genome repair, circularization and replication. No less than six kinds of recombinase genes have been reported so far in bacteriophage genomes, two (UvsX and Gp2.5) from virulent, and four (Sak, Redβ, Erf and Sak4) from temperate phages. Using profile–profile comparisons, structure-based modelling and gene-context analyses, we provide new views on the global landscape of recombinases in 465 bacteriophages. We show that Sak, Redβ and Erf belong to a common large superfamily adopting a shortcut Rad52-like fold. Remote homologs of Sak4 are predicted to adopt a shortcut Rad51/RecA fold and are discovered widespread among phage genomes. Unexpectedly, within temperate phages, gene-context analyses also pinpointed the presence of distant Gp2.5 homologs, believed to be restricted to virulent phages. All in all, three major superfamilies of phage recombinases emerged either related to Rad52-like, Rad51-like or Gp2.5-like proteins. For two newly detected recombinases belonging to the Sak4 and Gp2.5 families, we provide experimental evidence of their recombination activity in vivo. Temperate versus virulent lifestyle together with the importance of genome mosaicism is discussed in the light of these novel recombinases. Screening for these recombinases in genomes can be performed at http://biodev.extra.cea.fr/virfam.
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DOI：
10.1073/pnas.121164898
发表时间：
2001-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Ellis, HM;Yu, DG;Court, DL
通讯作者：
Court, DL
DOI：
10.1073/pnas.171317698
发表时间：
2001-08-14
影响因子：
11.1
作者：
Hollis, T;Stattel, JM;Ellenberger, T
通讯作者：
Ellenberger, T
影响因子：
3.2
作者：
Kwan, T;Liu, J;Pelletier, J
通讯作者：
Pelletier, J
DOI：
10.1073/pnas.120163297
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Datsenko, KA;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
64.8
作者：
Lindell, Debbie;Jaffe, Jacob D.;Chisholm, Sallie W.
通讯作者：
Chisholm, Sallie W.