Cloud computing for genomic data analysis and collaboration.
Cloud computing for genomic data analysis and collaboration.
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DOI：
10.1038/nrg.2017.113
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发表时间：
2018-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nellore A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Langmead B;Nellore A
在过去的十年中，DNA测序取得了长足的进步。基于大型测序数据集的研究经常出现，用于原始测序数据的公共档案量每18个月的大小增加一倍。同时，商业和学术云计算已经成熟，导致更多提供商，更大的总容量和更多的服务。在这里，我们描述了如何将云计算用于大规模基因组学合作和研究，并争论云计算如何成为未来大型基因组学合作的基本基础，并为重新分析存档数据（包括隐私保护数据）而做出的努力。
DNA sequencing made huge strides in the last decade. Studies based on large sequencing datasets appear frequently, and public archives for raw sequencing data have been doubling in size every 18 months. Meanwhile, commercial and academic cloud computing have matured, leading to more providers, greater total capacity, and a larger variety of services. Here we describe how cloud computing is used for large-scale genomics collaborations and research and argue how cloud computing will likely be a basic underpinning for future large-scale genomics collaborations and for efforts to re-analyze archived data, including privacy-protected data.
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遗传对人体组织基因表达的影响。
影响因子：
64.8
作者：
GTEx Consortium;Laboratory, Data Analysis &Coordinating Center (LDACC)—Analysis Working Group;Statistical Methods groups—Analysis Working Group;Enhancing GTEx (eGTEx) groups;NIH Common Fund;NIH/NCI;NIH/NHGRI;NIH/NIMH;NIH/NIDA;Biospecimen Collection Source Site—NDRI;Biospecimen Collection Source Site—RPCI;Biospecimen Core Resource—VARI;Brain Bank Repository—University of Miami Brain Endowment Bank;Leidos Biomedical—Project Management;ELSI Study;Genome Browser Data Integration &Visualization—EBI;Genome Browser Data Integration &Visualization—UCSC Genomics Institute, University of California Santa Cruz;Lead analysts:;Laboratory, Data Analysis &Coordinating Center (LDACC):;NIH program management:;Biospecimen collection:;Pathology:;eQTL manuscript working group:;Battle A;Brown CD;Engelhardt BE;Montgomery SB
通讯作者：
Montgomery SB
CLOVR：使用云计算从桌面上自动化和便携式序列分析的虚拟机。
影响因子：
3
作者：
Angiuoli SV;Matalka M;Gussman A;Galens K;Vangala M;Riley DR;Arze C;White JR;White O;Fricke WF
通讯作者：
Fricke WF
DOI：
10.1002/cpe.3262
发表时间：
2015-02
期刊：
Concurrency and computation : practice & experience
影响因子：
--
作者：
Ananthakrishnan R;Chard K;Foster I;Tuecke S
通讯作者：
Tuecke S
影响因子：
14.9
作者：
Afgan E;Baker D;van den Beek M;Blankenberg D;Bouvier D;Čech M;Chilton J;Clements D;Coraor N;Eberhard C;Grüning B;Guerler A;Hillman-Jackson J;Von Kuster G;Rasche E;Soranzo N;Turaga N;Taylor J;Nekrutenko A;Goecks J
通讯作者：
Goecks J
影响因子：
3
作者：
Afgan E;Baker D;Coraor N;Chapman B;Nekrutenko A;Taylor J
通讯作者：
Taylor J