Limits of Free Energy Computation for Protein-Ligand Interactions.
Limits of Free Energy Computation for Protein-Ligand Interactions.
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DOI：
10.1021/ct100102q
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发表时间：
2010
影响因子：
5.5
通讯作者：
Merz, Kenneth M., Jr.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Merz, Kenneth M., Jr.
对蛋白质-配体相互作用能的计算进行了详细的误差分析。特别是，我们表明，它是可能的，即使是高度准确的计算结合自由能的误差，代表了很大比例的目标结合自由能。这是由于观察到计算能量的误差随着蛋白质-配体复合物中存在的相互作用的数量的增加而准线性地增加。这一原理适用于任何涉及越来越多的分子间或分子内相互作用（例如从头开始蛋白质折叠）的系统。我们介绍的概念，最佳情况下的错误（BCSerrors），可以常规应用到对接和评分练习，并用于提供计算的结合自由能的误差条。这些BCSerrors形成了一个基础，通过它可以评估对接和评分练习的结果。此外，所得到的误差分析能够形成一个假设，该假设定义了进行的最佳方向，以改善分子对接研究中使用的评分函数。
A detailed error analysis is presented for the computation of protein-ligand interaction energies. In particular, we show that it is probable that even highly accurate computed binding free energies have errors that represent a large percentage of the target free energies of binding. This is due to the observation that the error for computed energies quasi-linearly increases with the increasing number of interactions present in a protein-ligand complex. This principle is expected to hold true for any system that involves an ever increasing number of inter or intra-molecular interactions (e.g. ab initio protein folding). We introduce the concept of best-case scenario errors (BCSerrors) that can be routinely applied to docking and scoring exercises and used to provide errors bars for the computed binding free energies. These BCSerrors form a basis by which one can evaluate the outcome of a docking and scoring exercise. Moreover, the resultant error analysis enables the formation of an hypothesis that defines the best direction to proceed in order to improve scoring functions used in molecular docking studies.
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DOI：
10.1021/jp807701h
发表时间：
2009-02-26
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Deng Y;Roux B
通讯作者：
Roux B
影响因子：
3
作者：
Knight, Jennifer L.;Brooks, Charles L., III
通讯作者：
Brooks, Charles L., III
影响因子：
6.8
作者：
Guvench, Olgun;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
7.3
作者：
DORSEY, BD;LEVIN, RB;HUFF, JR
通讯作者：
HUFF, JR
影响因子：
5.6
作者：
Baum, Bernhard;Muley, Laveena;Klebe, Gerhard
通讯作者：
Klebe, Gerhard