A review of bioinformatic pipeline frameworks.
A review of bioinformatic pipeline frameworks.
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DOI：
10.1093/bib/bbw020
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发表时间：
2017-05-01
影响因子：
9.5
通讯作者：
Leipzig J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leipzig J
高通量生物信息学分析越来越依赖于管道框架来处理序列和元数据。这些框架的现代实现在三个关键方面有所不同：使用隐式或显式语法，使用基于配置、约定或类的设计范例，以及提供命令行或工作台接口。在这里，我调查并比较了几种当前管道框架的设计理念。我根据分析需求和用户群提供实用的建议。
High-throughput bioinformatic analyses increasingly rely on pipeline frameworks to process sequence and metadata. Modern implementations of these frameworks differ on three key dimensions: using an implicit or explicit syntax, using a configuration, convention or class-based design paradigm and offering a command line or workbench interface. Here I survey and compare the design philosophies of several current pipeline frameworks. I provide practical recommendations based on analysis requirements and the user base.