Integrating Lys-N proteolysis and N-terminal guanidination for improved fragmentation and relative quantification of singly-charged ions.
Integrating Lys-N proteolysis and N-terminal guanidination for improved fragmentation and relative quantification of singly-charged ions.
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DOI：
10.1016/j.jasms.2010.02.004
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发表时间：
2010-06
影响因子：
3.2
通讯作者：
Cristea IM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carabetta VJ;Li T;Shakya A;Greco TM;Cristea IM
分离蛋白质复合物的研究极大地受益于质谱仪器和定量同位素标记技术的最新进展。蛋白质复合物组分的综合表征及其相对丰度的定量在很大程度上依赖于最大化从MS和串联MS研究获得的蛋白质和肽序列信息。最近的工作表明，使用金属内肽酶，Lys-N，生物蛋白质混合物的蛋白质组学分析产生互补的蛋白质序列信息相比，单独的胰蛋白酶消化。在这里，我们研究了Lys-N蛋白水解与MALDI质谱法一起用于表征酵母Arp 2复合物和E. coli PAP I蛋白相互作用。尽管与胰蛋白酶消化相比，Lys-N消化导致蛋白质序列覆盖率平均降低约30%，但与互补胰蛋白酶肽相比，单电荷Lys-N肽的CID分析产生了更广泛的b-离子系列。利用这种改进的片段化模式，我们利用Lys-N肽的差异15 N/14 N胍基化和MALDI-MS/MS分析来相对量化由于sprE缺失而引起的PAP I相关性的变化，sprE先前显示调节PAP I依赖性聚腺苷酸化。总的来说，这种Lys-N/胍基化整合方法适用于利用MALDI质谱分析的功能蛋白质组学研究，因为它提供了一种有效且经济的蛋白质相对定量方法，同时提高了检测灵敏度和片段化效率。
The study of isolated protein co7mplexes has greatly benefited from recent advances in mass spectrometry instrumentation and quantitative, isotope labeling techniques. The comprehensive characterization of protein complex components and quantification of their relative abundance relies heavily upon maximizing protein and peptide sequence information obtained from MS and tandem MS studies. Recent work has shown that using a metalloendopeptidase, Lys-N, for proteomic analysis of biological protein mixtures produces complementary protein sequence information compared to trypsin digestion alone. Here, we have investigated the suitability of Lys-N proteolysis for use with MALDI mass spectrometry to characterize the yeast Arp2 complex and E. coli PAP I protein interactions. Although Lys-N digestion resulted in an average decrease in protein sequence coverage of ~30% compared to trypsin digestion, CID analysis of singly-charged Lys-N peptides yielded a more extensive b-ions series compared to complementary tryptic peptides. Taking advantage of this improved fragmentation pattern, we utilized differential 15N/14N guanidination of Lys-N peptides and MALDI-MS/MS analysis to relatively quantify the changes in PAP I associations due to deletion of sprE, previously shown to regulate PAP I-dependent polyadenylation. Overall, this Lys-N/guanidination integrative approach is applicable for functional proteomic studies utilizing MALDI mass spectrometry analysis, as it provides an effective and economical mean for relative quantification of proteins in conjunction with increased sensitivity of detection and fragmentation efficiency.
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影响因子：
3.2
作者：
Carabetta, Valerie J.;Mohanty, Bijoy K.;Silhavy, Thomas J.
通讯作者：
Silhavy, Thomas J.
影响因子：
4.8
作者：
Blum, E;Carpousis, AJ;Higgins, CF
通讯作者：
Higgins, CF
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.08.026
发表时间：
2010-01
影响因子：
3.2
作者：
Luo Y;Li T;Yu F;Kramer T;Cristea IM
通讯作者：
Cristea IM
影响因子：
3.6
作者：
Raynal, LC;Carpousis, AJ
通讯作者：
Carpousis, AJ
影响因子：
7.4
作者：
Gu, CG;Tsaprailis, G;Wysocki, VH
通讯作者：
Wysocki, VH