Structural and biochemical studies on ATP binding and hydrolysis by the Escherichia coli RNA chaperone Hfq.
Structural and biochemical studies on ATP binding and hydrolysis by the Escherichia coli RNA chaperone Hfq.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0050892
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bläsi U
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hämmerle H;Beich-Frandsen M;Večerek B;Rajkowitsch L;Carugo O;Djinović-Carugo K;Bläsi U
在大肠杆菌中，RNA 伴侣 Hfq 通过协助小调节 RNA (sRNA) 和 mRNA 靶标之间的碱基配对来参与核糖调节。多项结构和生化研究揭示了环形 Hfq 六聚体任一表面上的 RNA 结合位点。虽然sRNA被认为优先接触近端位点上存在的YKH基序，但poly(A)15和ADP显示出与环状位于远端位点的三联结合基序(ARE)结合。据报道，Hfq 可以结合并水解 ATP。在这里，我们展示了与 ATP 复合的大肠杆菌 Hfq (Hfq65) C 端截短变体的晶体结构，表明它与远端 R 位点结合。此外，我们重新审视了报道的纯化至均质的全长 Hfq 的 ATP 酶活性。与之前的报告不同的是，没有观察到 Hfq 的 ATP 酶活性。此外，FRET 测定既没有表明 ATP 对两种模型寡核糖核苷酸退火的影响，也没有表明 ATP 的存在引起链置换。此外，除非使用化学计量过量的 ATP，否则 ATP 不会导致二元和三元 Hfq-RNA 复合物不稳定。总而言之，这些研究强烈表明 ATP 对于 Hfq 介导的 RNA 交易是可有可无的，并且不会干扰 Hfq 介导的 RNA 交易。
In Escherichia coli the RNA chaperone Hfq is involved in riboregulation by assisting base-pairing between small regulatory RNAs (sRNAs) and mRNA targets. Several structural and biochemical studies revealed RNA binding sites on either surface of the donut shaped Hfq-hexamer. Whereas sRNAs are believed to contact preferentially the YKH motifs present on the proximal site, poly(A)15 and ADP were shown to bind to tripartite binding motifs (ARE) circularly positioned on the distal site. Hfq has been reported to bind and to hydrolyze ATP. Here, we present the crystal structure of a C-terminally truncated variant of E. coli Hfq (Hfq65) in complex with ATP, showing that it binds to the distal R-sites. In addition, we revisited the reported ATPase activity of full length Hfq purified to homogeneity. At variance with previous reports, no ATPase activity was observed for Hfq. In addition, FRET assays neither indicated an impact of ATP on annealing of two model oligoribonucleotides nor did the presence of ATP induce strand displacement. Moreover, ATP did not lead to destabilization of binary and ternary Hfq-RNA complexes, unless a vast stoichiometric excess of ATP was used. Taken together, these studies strongly suggest that ATP is dispensable for and does not interfere with Hfq-mediated RNA transactions.
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影响因子：
14.9
作者：
Arluison V;Hohng S;Roy R;Pellegrini O;Régnier P;Ha T
通讯作者：
Ha T
影响因子：
2.9
作者：
Lazar, Prettina;Kim, Songmi;Lee, Keun Woo
通讯作者：
Lee, Keun Woo
影响因子：
8
作者：
Arluison, Veronique;Mutyam, Shravan K.;Sukhodolets, Maxim V.
通讯作者：
Sukhodolets, Maxim V.
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
4.5
作者：
Moll, I;Afonyushkin, T;Bläsi, U
通讯作者：
Bläsi, U