Research Techniques Made Simple: Spatial Transcriptomics.
Research Techniques Made Simple: Spatial Transcriptomics.
复制标题
研究方法变得简单：空间转译。
DOI：
10.1016/j.jid.2021.12.014
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发表时间：
2022-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ji AL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Piñeiro AJ;Houser AE;Ji AL
组织和单细胞的转录组分析有助于在不同的生物学背景下询问基因表达变化。然而，在组织均质化或分离期间，空间信息经常丢失。转录组分析的最新进展保留了RNA分子的原位空间背景，并共同组成了一组称为“空间转录组学”的技术，使细胞类型及其相关基因表达在完整组织内的定位成为可能。在这里，我们回顾空间转录组学方法，总结数据分析方法，包括与单细胞转录组学数据的整合，并讨论其在皮肤病学研究中的应用。这些工具提供了一个有前途的途径，以提高我们的理解生态位模式和细胞间的相互作用，包括皮肤稳态和疾病的异质组织。
Transcriptome profiling of tissues and single cells facilitates interrogation of gene expression changes within diverse biological contexts. However, spatial information is often lost during tissue homogenization or dissociation. Recent advances in transcriptome profiling preserve the in situ spatial context of RNA molecules and together comprise a group of techniques known as “spatial transcriptomics,” enabling localization of cell types and their associated gene expression within intact tissues. Here, we review spatial transcriptomics methods, summarize data analysis approaches including integration with single-cell transcriptomics data, and discuss their applications in dermatologic research. These tools offer a promising avenue towards improving our understanding of niche patterning and cell-cell interactions within heterogenous tissues that encompass skin homeostasis and disease.
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影响因子：
48
作者：
Biancalani T;Scalia G;Buffoni L;Avasthi R;Lu Z;Sanger A;Tokcan N;Vanderburg CR;Segerstolpe Å;Zhang M;Avraham-Davidi I;Vickovic S;Nitzan M;Ma S;Subramanian A;Lipinski M;Buenrostro J;Brown NB;Fanelli D;Zhuang X;Macosko EZ;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
48
作者：
Qian, Xiaoyan;Harris, Kenneth D.;Nilsson, Mats
通讯作者：
Nilsson, Mats
影响因子：
11.2
作者：
Thrane, Kim;Eriksson, Hanna;Lundeberg, Joakim
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
影响因子：
64.5
作者：
Cho CS;Xi J;Si Y;Park SR;Hsu JE;Kim M;Jun G;Kang HM;Lee JH
通讯作者：
Lee JH
DOI：
10.1073/pnas.1912459116
发表时间：
2019-09-24
影响因子：
11.1
作者：
Xia, Chenglong;Fan, Jean;Zhuang, Xiaowei
通讯作者：
Zhuang, Xiaowei